1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttatcagggtgatttctaattagttgatagtgtaaagtgttagaaaattaaattctatgttaaatatgttatctttacacaattctttgcatctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G01410.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTEST: gi|192331743|gb|FK024847.1|FK024847
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgctggttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTEST: gi|208332817|gb|GE129096.1|GE129096
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgctggttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATCCATATGATACTATTGCTATGAAACTTEST: gi|192330603|gb|FK021936.1|FK021936
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgctggttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTEST: gi|192328840|gb|FK022584.1|FK022584
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgctggttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTEST: gi|208207007|gb|GE008370.1|GE008370
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgctggttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATCCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgctggttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
aattaaattctatgttaaatatgttatctttacacaattctttgcatctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACT
ttctttgcatcttt CT-rich tract
aattctatgttaaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttatcagggtgatttctaattagttgatagtgtaaagtgttagaaaattaaattctatgttaaatatgttatctttacacaattctttgcatctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG