Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgccttctaagctgctccattttgttttgttttggcattccttccacccccttttcgtttgcttgattttctgcttattcactgtgtcattttctcttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACACAACTTCCAGAAGGTGGTGTTTTGCTTCTAGAGAATGTGAGGTTCTACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G41550.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G41550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtgtgccttctaagctgctccattttgttttgttttggcattccttccacccccttttcgtttgcttgattttctgcttattcactgtg-tcattttctct-tgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACACAACTTCCAGAAGGTGGTGTTTTGCTTCTAGAGAATGTGAGGTTCTACA
                       ||||||    ||   | |||    |   |    ||  |   | | |  || |       ||||||  ||| | | | | || | | |||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| ||  ||| || |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| 
----------------------gtttgttcctcttcctc-ttctagacttgcaaggtttctgaacattagcttttaaaagaacactgttctcactctgtttgtgttaatagGTTGTAATGGCAAATGACTCTATTGGTGAGGAAGTCCAGAAGTTGGTTGCAGGACTACCTGAAGGTGGTGTTTTGCTCTTGGAGAATGTGAGGTTCTACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15815937|gb|BI788212.1|BI788212
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|17021828|gb|BM092862.1|BM092862
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|254319185|gb|GR830533.1|GR830533
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|298184361|gb|HO029574.1|HO029574
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|213590337|gb|DB963872.1|DB963872
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|213618073|gb|DB963706.1|DB963706
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209701525|gb|BW667346.1|BW667346
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|254333427|gb|GR841289.1|GR841289
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209726275|gb|BW659601.1|BW659601
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|213589807|gb|DB959418.1|DB959418
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTAC
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGG-AGGAAGTTGAAAAGTTGGTTAC
EST: gi|298190988|gb|HO038467.1|HO038467
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209717610|gb|BW679690.1|BW679690
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209706842|gb|BW653134.1|BW653134
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|19347371|gb|BM892251.1|BM892251
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|254340232|gb|GR858357.1|GR858357
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|298192401|gb|HO036483.1|HO036483
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|254333389|gb|GR841251.1|GR841251
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|151408797|gb|EV278605.1|EV278605
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|5760694|gb|AI966057.1|AI966057
EST:     ACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|254343942|gb|GR857698.1|GR857698
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|120531954|gb|EH260087.1|EH260087
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|298176127|gb|HO015532.1|HO015532
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|19269452|gb|BM885708.1|BM885708
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|151410791|gb|EV280606.1|EV280606
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|192329504|gb|FK021874.1|FK021874
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCCCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209709214|gb|BW657183.1|BW657183
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|213614766|gb|DB970771.1|DB970771
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGNGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|213606522|gb|DB971318.1|DB971318
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209700685|gb|BW670461.1|BW670461
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|298195007|gb|HO043535.1|HO043535
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209708596|gb|BW678773.1|BW678773
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|192307309|gb|FK001267.1|FK001267
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|209717628|gb|BW653990.1|BW653990
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
EST: gi|13789062|gb|BG651653.1|BG651653
EST:     ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAG                         GTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA
genomic: ACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTCAACTTCTTGGAATTGAGgtgtgccttc ... ttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcgtttgcttgattttctgcttattcactgtgtcattttctcttgattacagGTTACGATGGCCAATGACTCTATTGGGGAGGAAGTTGAAAAGTTGGTTACACAACTTCCAGAAGGTGGTGTTTTGCTTCTAGAGAATGTGAGGTTCTACA
                                           tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                 tgtcattttctctt  CT-rich tract
           ttgatttt  TA-rich tract