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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtattattttttagttagtaaataagcatcgagtcatttggtttgcttgtgtataacatcataatcctgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGGCTTATTATCGTTGCATTCTGTTCTGTTTTCATTCCCAGATAACTTCGTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G05620.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298198142|gb|HO039681.1|HO039681
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|7639289|gb|AW733615.1|AW733615
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|58014473|gb|CX701215.1|CX701215
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|51343117|gb|CO983850.1|CO983850
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|14999290|gb|BI320299.1|BI320299
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|12772718|gb|BG237636.1|BG237636
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|18733830|gb|BM527835.1|BM527835
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|7639244|gb|AW733571.1|AW733571
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|12690066|gb|BG156402.1|BG156402
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|20814521|gb|BQ298999.1|BQ298999
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|7146375|gb|AW508297.1|AW508297
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|17402023|gb|BM178805.1|BM178805
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|22931573|gb|BU548712.1|BU548712
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|208152532|gb|GD950449.1|GD950449
EST:     GGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: GGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|31471526|gb|CD413554.1|CD413554
EST:     TTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: TTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|58023473|gb|CX710214.1|CX710214
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|10848067|gb|BF070624.1|BF070624
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|151400909|gb|EV270723.1|EV270723
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|13251785|gb|BG362688.1|BG362688
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|18848956|gb|BM568066.1|BM568066
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|6914391|gb|AW395921.1|AW395921
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|151410688|gb|EV280503.1|EV280503
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|18726815|gb|BM523771.1|BM523771
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|18848720|gb|BM567832.1|BM567832
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|254315068|gb|GR830061.1|GR830061
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|151401498|gb|EV271312.1|EV271312
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
EST: gi|23734278|gb|BU765362.1|BU765362
EST:     AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGT                         GTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG
genomic: AACACTGCACTGGACAATATTTTGATTATTGGTCTTGTATTGACAAATGTgtaagtatta ... tgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagcatcgagtcatttggtttgcttgtgtataacatcataatcctgtaatgcagGTTGCACCGAAGCTATTCACCAAACTGAAGTAATGGAGAAGGATTTGATGGCTTATTATCGTTGCATTCTGTTCTGTTTTCATTCCCAGATAACTTCGTC
                            gtataac  putative branch site (score: 3)
                             tataacatcataat  TA-rich tract