1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...catcctcatgcaaatttgggcaaacaccctagaatgttgttttgatatggttaatttagtagggatattgatgataaggatcttatttttggaaatgcagATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACACAGGAAATGCTTTTAAATGCAGCAGAATGGCTTGGTGTAGGTACAGCGTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G04360.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCTTCTCTCAGCACTTTCCAACAG ATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACACEST: gi|22933263|gb|BU550402.1|BU550402
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCTTCTCTCAGCACTTTCCAACAGgtaaacattc ... ggaaatgcagATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACAC
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCTTCTCTCAGCACTTTCCAACAG ATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACACEST: gi|213601039|gb|DB983714.1|DB983714
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCTTCTCTCAGCACTTTCCAACAGgtaaacattc ... ggaaatgcagATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACAC
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCTCCCCTCAGCACTTTCCAACAG ATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACAC
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCTTCTCTCAGCACTTTCCAACAGgtaaacattc ... ggaaatgcagATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACAC
tatggttaatttagtagggatattgatgataaggatcttatttttggaaatgcagATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACACAGGAAATGCTTTTAAATGCAGCAGAATGGCTTGGTGTAGGTACAGCGTC
tattgat putative branch site (score: 3)
ttatttttggaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catcctcatgcaaatttgggcaaacaccctagaatgttgttttgatatggttaatttagtagggatattgatgataaggatcttatttttggaaatgcagATGTGGATTGCGAAGGCAGAGTATGATGAGTCTGGTCCTTCAATTGTACACAGGAAATGCTTTTAAATGCAGCAGAATGGCTTGGTGTAGGTACAGCGTC
- - -tcatgca
- - - - - - - - - - caaacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgat