Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagccgttttttttatattatttttctctactatttcttccttgtatatatgtattagttaatataaacaggattcgaaaatctaactctagctacctggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTTCTAGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAGTTTTCCATCACAAAAGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G00560.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G00560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G120579_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-----------------------gtaagccgttttttttatattatttttctctactatttctt--ccttgtatatatgtattagttaatata---aacaggattcgaaaatctaactctagct-acctggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTTCTAGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAGTTTTCCATCACAAAAGC
                           |  |      | | ||| |||| ||| |      | |   ||| |  | || |   |  || || |   |  || | |  ||   | |||| |   | |  |    ||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||||| ||| |||||| |||||||||| | ||||||| | || || | |||
gtatgttattcacataaagttctcactgttgaccagatgacatttttttcctcgaacggagcatgatcttattaacatctcccatgtattagacctacaagaaataaaatgacaaactatgctttatttcacatgcagATGAGTGCGCTAAAGAACTTGGGGCTAAATGTTGTTAAAGCTAGTGTCTGTCTCGATTCTACTGGCAAGCATATCAAGTTTGCTATAACTAGAGC

upper sequence: GLYMA15G00560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G16880.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-----gtaagccgttttttttatatt-atttttctcta---ctatttcttc--------cttgtatatatgtattagttaatataaacaggattcgaaaa--tctaactctagctacctgga---ttgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTTCTAGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAGTTTTCCATCACAAAAGC
     | | |     || ||  || | | || |  |||   ||   |  ||         |   | |    | ||| ||  | |        || ||     |||   |||    | ||      ||  ||||||||||| | |||||||||||  ||||||| || ||||||||||| |  || |||||||| |||||||||||||| ||| |||| || | |||
gtaaggaaggataccttcttcttactcacttgttgctagctctgcataatcgaccaacattcacaaaagcttcttacttcctttcctgcttttttgactgcttcttgatctgatcaactttgcccttctagATGAATGCGCTCAAAAACTTGGGATTGAATGTCGTCAAGGCAAATGTTTACCTTGATTCTTCCGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTACTAGAGC

upper sequence: GLYMA15G00560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0018g01780.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------------------------------------------------gtaagccgttttttttat-attatttttctctactatttcttccttgtatatatgtattagt-taatataaacaggattcgaaaatctaactctagctacctggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTTCTAGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAGTTTTCCATCACAAAAGC
                                                                                       | ||    ||  || | | | |   ||| |||     |   |    |||  | | | ||  |  ||||  |       |  |  ||||| || |   ||  | | ||||||||||||||  | |||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| || ||||||||||  ||| ||||||| |||||
gtataataacttttacatttctggatcagatatttttgtttgtctaattttttgcttctgccattttattgactcatacccagaaaaggaaattattggttctgtgagttcctttgtctttggctcagtttgagtacctttatctttctacaataggatttctgatacatcatctagctttt-ttaaattgcttgcagATGAATGCACTTAAAAATCTAGGGCTGAATGTTGTTAAAGCAAATGTCTTTTTGGATTCTTCGGGAAAGCACAACACATTTGCCATCACCAAAGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192321695|gb|FK014039.1|FK014039
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120529813|gb|EH257947.1|EH257947
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|22522966|gb|BU081777.1|BU081777
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|7640645|gb|AW734872.1|AW734872
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|21993858|gb|BQ785386.1|BQ785386
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|9899760|gb|BE608728.1|BE608728
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTA
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTA
EST: gi|31561420|gb|CD487258.1|CD487258
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|213604289|gb|DB970577.1|DB970577
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120491081|gb|EH219248.1|EH219248
EST:     GCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: GCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120494269|gb|EH222436.1|EH222436
EST:     CTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGCCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|22525030|gb|BU083841.1|BU083841
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|213605246|gb|DB966862.1|DB966862
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|18734777|gb|BM528381.1|BM528381
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120534006|gb|EH262139.1|EH262139
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|8670493|gb|BE191600.1|BE191600
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120531918|gb|EH260051.1|EH260051
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|14999665|gb|BI320487.1|BI320487
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|17519613|gb|BM188655.1|BM188655
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120530189|gb|EH258323.1|EH258323
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120531854|gb|EH259987.1|EH259987
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|22525094|gb|BU083905.1|BU083905
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|120497144|gb|EH225311.1|EH225311
EST:     CGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|20813196|gb|BQ297674.1|BQ297674
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|22522210|gb|BU081021.1|BU081021
EST:     CCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|7925937|gb|AW831963.1|AW831963
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|6134645|gb|AW133038.1|AW133038
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|12690942|gb|BG157278.1|BG157278
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|9259829|gb|BE347976.1|BE347976
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTNT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|209697454|gb|BW669954.1|BW669954
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
EST: gi|192320913|gb|FK013107.1|FK013107
EST:     CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACT                         ATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT
genomic: CTGTGGTCGAGATAACCTTTGGTGATCGCCTTGGGGCTCTTCTTGACACTgtaagccgtt ... tggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattagttaatataaacaggattcgaaaatctaactctagctacctggattgcagATGAATGCGTTAAAAAACTTGGGGCTGAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTTCTAGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAGTTTTCCATCACAAAAGC
                            atctaac  putative branch site (score: 2)
      ttaatataaaca  TA-rich tract