Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttttatgattttccattacgaaacagatgttttaattgcctgttctcttatggaattctattttctatctaaattttatatttgaacatcttatacaccatcttcatagtatgccctggaacactttaggtttgtgtatttaatatctttaccatttctcatatcttagGCAATGGTGAGCCAATGAAGATGTTTGACCGAACAGCTAATCTGGCTAATAACCAAATTATTAGTTATCGTTGTGATCCTAATGAAAAGTGGTTGGTTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G37510.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G37510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
---gtgagtttttatgattttccattacgaaacagatgttttaattgcctgttct-cttatggaattctatt-ttctatctaa-attttatatttgaacatcttatacaccatcttcatagtatgccctggaacactttaggtttgtgtatttaatatctttaccatttctcatatcttagGCAATGGTGAGCCAATGAAGATGTTTGACCGAACAGCTAATCTGGCTAATAACCAAATTATTAGTTATCGTTGTGATCCTAATGAAAAGTGGTTGGTTTT
   | ||   | ||| | |  |      ||| ||    |||   ||   | || | | ||||||||| ||||  | ||| |   | |  |||||| || |    |||  |    ||  ||||||          | |||  ||||| | ||||||| |  | |     ||| || | | |||  ||  ||||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||  ||||| ||||| || |  |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||
gcagggaacctctataactccct-----gaatcaacattttgctttctttattttacatatggaattttattgctttatttgttagtcaatatttcaaga----ataagct---tttgtagtatttttatttttaattt--gtttg-gcatttaatgttctcattgcatcttatgtgt-agGTGATTCTGAGCCTGTGAAGATGTTTGAGCGAACTGCAAATCTGGTAAATAATCAAATAATCAACTATCGTTGCGATCCTTCTGAAAAGTGGTTGGTTTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctggaacactttaggtttgtgtatttaatatctttaccatttctcatatcttagGCAATGGTGAGCCAATGAAGATGTTTGACCGAACAGCTAATCTGGCTAATAACCAAATTATTAGTTATCGTTGTGATCCTAATGAAAAGTGGTTGGTTTT
                       atttaat  putative branch site (score: 4)
                               tctttaccatttctc  CT-rich tract
                tttgtgtatttaatat  TA-rich tract