1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtttgacctttcaatggactttttccttcctaaattttttcttcttctttgtttatgcattcgtgtgcttgtatctgatgtagTGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCAGATATCTTCCCAAAGCCTTCCAAGCTGTGAGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G09100.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGTTAAGGTTGCCTTGGGGAAGATGAATCCACAGATTGCTTTCATGAG TGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTGEST: gi|7029908|gb|AW459691.1|AW459691
genomic: TTTGTTAAGGTTGCCTTGGGGAAGATGAATCCACAGATTGCTTTCATGAGgtttgacctt ... tctgatgtagTGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTG
EST: TTTGTTAAGGTTGCCTTGGGGAAGATGAATCCACAGATTGCTTTCATGAG TGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTGEST: gi|19346103|gb|BM890983.1|BM890983
genomic: TTTGTTAAGGTTGCCTTGGGGAAGATGAATCCACAGATTGCTTTCATGAGgtttgacctt ... tctgatgtagTGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTG
EST: TTTGTTAAGGTTGCCTTGGGGAAGATGAATCCACAGATTGCTTTCATGAG TGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTG
genomic: TTTGTTAAGGTTGCCTTGGGGAAGATGAATCCACAGATTGCTTTCATGAGgtttgacctt ... tctgatgtagTGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTG
cctaaattttttcttcttctttgtttatgcattcgtgtgcttgtatctgatgtagTGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCAGATATCTTCCCAAAGCCTTCCAAGCTGTGAGC
attttttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgacctttcaatggactttttccttcctaaattttttcttcttctttgtttatgcattcgtgtgcttgtatctgatgtagTGGTTAATGGATGTAGAGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGCTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCAGATATCTTCCCAAAGCCTTCCAAGCTGTGAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG