Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggctctctcccccgccaaaaacaccttttgtctgtcccaatatggttctataattatattgatttagctcgaggaatgatttctttttatctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACACTAAAGGCCGATTCCGTCTTCATTCCATCAGGGATGATGAGGCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G06170.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G06170.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0058g00390.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
ggctctctcccccgccaaaaacaccttttgtctgtcccaatatggttctataattatattgatttagctcgaggaatgatttctttttatctctatac-agATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACACTAAAGGCCGATTCCGTCTTCATTCCATCAGGGATGATGAGGCAAAG
  |   || |   ||  | |  | || |   ||      |  ||      | ||| |  |  ||      |     |    | || |||||| | ||| ||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||| | || || || || |||||||| |||||||||
-acatcctgctttgctgatagaatctctctactaaaaacacttgaactcctcattctggttgttggcactgtttcttctaattttgttatctgtttaccagATGTTGTATCCATTCCCAAGACAAATGAGAACTTCCGTCTCCTATATGACACAAAGGGCCGATTCAGACTCCACTCAATTAGGGATGAGGAGGCAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21601759|gb|BQ612090.1|BQ612090
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|18848488|gb|BM567686.1|BM567686
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|15337125|gb|BI497781.1|BI497781
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|6227935|gb|AW156597.1|AW156597
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|192299652|gb|FG987755.1|FG987755
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|298166678|gb|HO010117.1|HO010117
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|16996475|gb|BM085847.1|BM085847
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|192312625|gb|FK004313.1|FK004313
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|14125494|gb|BG789932.1|BG789932
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|209707198|gb|BW656816.1|BW656816
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|151412561|gb|EV282373.1|EV282373
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|209718729|gb|BW671930.1|BW671930
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|151396582|gb|EV266459.1|EV266459
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|193416877|gb|FK383689.1|FK383689
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAAT
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAAT
EST: gi|298186841|gb|HO033940.1|HO033940
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|7639605|gb|AW733924.1|AW733924
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|11687942|gb|BF595618.1|BF595618
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|14999877|gb|BI320691.1|BI320691
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|15201271|gb|BI424783.1|BI424783
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|209705389|gb|BW668019.1|BW668019
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|17023171|gb|BM094205.1|BM094205
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|213614487|gb|DB972811.1|DB972811
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|6566530|gb|AW234173.1|AW234173
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|9204413|gb|BE330637.1|BE330637
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|213620181|gb|DB967496.1|DB967496
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|38192546|gb|CF921752.1|CF921752
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|13791604|gb|BG654195.1|BG654195
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|209703748|gb|BW665021.1|BW665021
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|209719323|gb|BW665933.1|BW665933
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|192301197|gb|FG988032.1|FG988032
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|4292392|gb|AI441898.1|AI441898
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|4314036|gb|AI461155.1|AI461155
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCCGCCTGCTCTATGAC
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCC-GCCTGCTCTATGAC
EST: gi|192312626|gb|FK004314.1|FK004314
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|17023146|gb|BM094180.1|BM094180
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|151398495|gb|EV268366.1|EV268366
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|6847064|gb|AW349354.1|AW349354
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|20813097|gb|BQ297567.1|BQ297567
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|11688388|gb|BF596064.1|BF596064
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|7042527|gb|AW472421.1|AW472421
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|213606507|gb|DB958989.1|DB958989
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|9205016|gb|BE331240.1|BE331240
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
EST: gi|192328145|gb|FK022854.1|FK022854
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACTTACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtttgc ... ctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctataattatattgatttagctcgaggaatgatttctttttatctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACACTAAAGGCCGATTCCGTCTTCATTCCATCAGGGATGATGAGGCAAAG
           tattgat  putative branch site (score: 3)
                                  tttctttttatctcta  putative PPT
     taattatattgattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggctctctcccccgccaaaaacaccttttgtctgtcccaatatggttctataattatattgatttagctcgaggaatgatttctttttatctctatacagATGTTGTTTCAATCCCAAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTCTATGACACTAAAGGCCGATTCCGTCTTCATTCCATCAGGGATGATGAGGCAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - ctccccc
- - - - - - - - aaaaaca
- - - - - - - - - - - -ccttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaatga