1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...cctatggtctaaagaaatttatcttaaattttaaaatataaatttgaattactatgtgacaattttatgagttgcaattatcattatgttgctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGCTGTAAAAGCTTTCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G44000.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|298174489|gb|HO014634.1|HO014634
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGGGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCCGAACTGAAAAATGEST: gi|17154054|gb|BM143987.1|BM143987
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|151403951|gb|EV273761.1|EV273761
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|298182900|gb|HO028113.1|HO028113
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|17153892|gb|BM143825.1|BM143825
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|192323236|gb|FK017402.1|FK017402
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|192329314|gb|FK020233.1|FK020233
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|151397263|gb|EV267136.1|EV267136
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|13562443|gb|BG550663.1|BG550663
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAAAGEST: gi|31464055|gb|CD406083.1|CD406083
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACTGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACTATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|151410513|gb|EV280328.1|EV280328
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|9203815|gb|BE330039.1|BE330039
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|58019023|gb|CX705765.1|CX705765
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCCCAGTGTGGATTTAGTTCTTTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACA-TTTGGAAGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|192306124|gb|FG996570.1|FG996570
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|298190798|gb|HO032919.1|HO032919
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGGACTGAAAAATGEST: gi|193689192|gb|FK631403.1|FK631403
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|14012002|gb|BG726924.1|BG726924
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|10232984|gb|BE801872.1|BE801872
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|12690674|gb|BG157010.1|BG157010
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTC-TGGAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|192306123|gb|FG996569.1|FG996569
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|18039188|gb|BM307482.1|BM307482
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGEST: gi|17021277|gb|BM092311.1|BM092311
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
EST: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATG ATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
genomic: TCCACAGTGTGGATTTAGTTCTCTTGCAGTTAGAGTGTTACAACAATATGgtaagtaaca ... gctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATG
gaattactatgtgacaattttatgagttgcaattatcattatgttgctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGCTGTAAAAGCTTTCAG
aattatcattatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctatggtctaaagaaatttatcttaaattttaaaatataaatttgaattactatgtgacaattttatgagttgcaattatcattatgttgctattgcagATGTTCCTTTAAGTGCTAGAAACATTTTGGAGGATCCTGAACTGAAAAATGCTGTAAAAGCTTTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG