Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtagtattctgaaatctttcaaggactaaattggcttttgctgtatttgaaaatgtcaatgtcattatatatctaatgttctgtttttggatgtatgcagGTGTGGGATGATTATTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G39240.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192310347|gb|FK002227.1|FK002227
EST:     GGTGATGGAAGTGGTAGGAGGGTTGAACTTGGTTTTGACAGTTTTGTCGA                         GTGTGGGATGATTATTAAG
genomic: GGTGATGGAAGTGGTAGGAGGGTTGAACTTGGTTTTGACAGTTTTGTCGAgtaagttaac ... atgtatgcagGTGTGGGATGATTATTAAG
EST: gi|151394123|gb|EV263994.1|EV263994
EST:     GGTGATGGAAGTGGTAGGAGGGTTGAACTTGGTTTTGACAGTTTTGTCGT                         GTGTGGGATGATTATTAAG
genomic: GGTGATGGAAGTGGTAGGAGGGTTGAACTTGGTTTTGACAGTTTTGTCGAgtaagttaac ... atgtatgcagGTGTGGGATGATTATTAAG
EST: gi|192310346|gb|FK002226.1|FK002226
EST:     GGTGATGGAAGTGGTAGGAGGGTTGAACTTGGTTTTGACAGTTTTGTCGA                         GTGTGGGATGATTATTAAG
genomic: GGTGATGGAAGTGGTAGGAGGGTTGAACTTGGTTTTGACAGTTTTGTCGAgtaagttaac ... atgtatgcagGTGTGGGATGATTATTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgaaaatgtcaatgtcattatatatctaatgttctgtttttggatgtatgcagGTGTGGGATGATTATTAAG
                         atctaat  putative branch site (score: 3)
                  attatatatctaatgt  TA-rich tract