Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tataaaattgttttcactgagcaaaataagttggatttgtactgttaagctaatgcaactctagttcatcatgtttcgtttatttctggttatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAATGTTATTCGCAACTCATGCCCTGGGGCTGGAGCCTGTGGTGGAATGTATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G27810.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G27810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g44530.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
tataaaattgttttcactgagcaaaataagttggatttg-tactgttaagctaatgcaactctagttcatcatgtt-tcgtttatttctggttatcctgta--gTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAATGTTATTCGCAACTCATGCCCTGGGGCTGGAGCCTGTGGTGGAATGTATA
| | | | ||||| || | | |||||| | | || | || | | || | || | || ||||| |||| |||||||||||||| ||| | |||||||| | |||||| |||||| | ||||| | |||||||||||||| || || || || |||||||| ||||| |
--------------------gtactctgcttcttatttgctagtacttt-ctaatgtagcagta-tacagcttattcttacttttgtcgtgttatgatgtacagTGCTATGGAGAATTTGTTACCGGATCAATCAGTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAACTCATGCCCAGGAGCAGGTGCGTGTGGTGGTATGTACA

upper sequence: GLYMA13G27810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G014069_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-------tataaaattgttttcactgagcaaaataagttggat--ttgtactgttaagctaatgcaactctagttcatcatgtttcgtttatttctggttatcc--tgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAATGTTATTCGCAACTCATGCCCTGGGGCTGGAGCCTGTGGTGGAATGTATA
||| | || | | | ||| | || | | | | | | | || | | | | | | |||| | | | | | || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| |||||| | ||||| | ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| |
gtatgtttatcacctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggcattgta-cattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAATTCATGTCCAGGGGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA

upper sequence: GLYMA13G27810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AC234528.1_FGT005 (Zea mays), 3'ss of exon 3
tataaaattgttttcactgagcaaaataagttggatttgtactgttaagctaatgcaactctagttcatcatgtttcgtttatttctggttatcc-tgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAATGTTATTCGCAACTCATGCCCTGGGGCTGGAGCCTGTGGTGGAATGTATA
|| || | | || | | | | | |||| | | |||| | || | ||| || || || || | || | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| |||||| | || || | ||||| ||||| || || || || ||||||||||| ||||| |
-gtatgtttatggcctttggtctgttca----gcaactctacttctttggcaatgtacatcctacagctaatgcttgcttgcattttgatgttctgcgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAACGTCCTCCGCAATTCATGTCCAGGAGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207789913|gb|GD761260.1|GD761260
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|193652196|gb|FK597788.1|FK597788
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|208073181|gb|GD869870.1|GD869870
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|208159300|gb|GD953831.1|GD953831
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|193489206|gb|FK457155.1|FK457155
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|208114414|gb|GD908945.1|GD908945
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|208184033|gb|GD981919.1|GD981919
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|208076499|gb|GD873930.1|GD873930
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|208123696|gb|GD922358.1|GD922358
EST:     CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: CCTGGTCATTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
EST: gi|207737749|gb|GD716437.1|GD716437
EST:     TTGGTTCTATTTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAG                         TGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT
genomic: -TGG-TC-A-TTTTGAGGGTAACACGTTTGACATAGTGTCTGCCTTTCAGgtatgtgaaa ... tatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagctaatgcaactctagttcatcatgtttcgtttatttctggttatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAATGTTATTCGCAACTCATGCCCTGGGGCTGGAGCCTGTGGTGGAATGTATA
  agctaat  putative branch site (score: 3)
 ttatcct  putative PPT
 tttatttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tataaaattgttttcactgagcaaaataagttggatttgtactgttaagctaatgcaactctagttcatcatgtttcgtttatttctggttatcctgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAATGTTATTCGCAACTCATGCCCTGGGGCTGGAGCCTGTGGTGGAATGTATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - ggatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catcatg