1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttggatagtatgatcagatagtattgtatgctttctgaagcatgcatttacaagctatggaattcaaataatgagctgaacaatatatttaatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGATCCAAACACTGCATCGTTGCATCATCTCAATATGGAACAGCTCACAAAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G25740.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATG GTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTTGGTGT-CTATGTCTGAEST: gi|254324919|gb|GR834344.1|GR834344
genomic: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATGgtataatttt ... aatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTT-GGTGTTCTATGTCTGA
EST: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATG GTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGATEST: gi|193462160|gb|FK425973.1|FK425973
genomic: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATGgtataatttt ... aatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGAT
EST: AATTTACATGTATGAGGGAATG GTCAAATTCCATGTTGTATCTCGTTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCEST: gi|193305251|gb|FK270412.1|FK270412
genomic: AATTTACATGTATGAGGGAATGgtataatttt ... aatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTC
EST: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATG GTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGATEST: gi|208310210|gb|GE107628.1|GE107628
genomic: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATGgtataatttt ... aatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGAT
EST: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATG GTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGAT
genomic: CCATGCAAAATATTGTAAACAAGAAAGCAATTTACATGTATGAGGGAATGgtataatttt ... aatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGAT
atttacaagctatggaattcaaataatgagctgaacaatatatttaatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGATCCAAACACTGCATCGTTGCATCATCTCAATATGGAACAGCTCACAAAGA
atttaat putative branch site (score: 4)
aacaatatatttaatc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttggatagtatgatcagatagtattgtatgctttctgaagcatgcatttacaagctatggaattcaaataatgagctgaacaatatatttaatcatgcagGTCAAATTCCATGTTGTATCTCATTACAAGCTTTGGTGTTCTATGTCTGATCCAAACACTGCATCGTTGCATCATCTCAATATGGAACAGCTCACAAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - -gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agctgaa