Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G24630.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G851698_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
        || |  |       || |||| ||    ||  |    ||||||   | ||      || |||||    |||     |       ||   |  || |||||||||| || ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||  |||||||||| || ||  |||
--------gtaaattttctgctttcttatttcttgatccatgccccctatt---gctgatttcatacttaat----tataggtgtgatgtgtttcttttttgcagGAGTTTAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAACAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTCTGACTTCTGGTCGTGTCCGCCTTCTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T09 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcct--attttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
               | |||  ||   ||  |  | |   ||| |||   | | | | ||      || ||||  ||   |     ||| |  ||||| |  || ||||||| || || ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  |||
---------------gtaaactttgggatgact-tatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaatataggtgtga-tatgtttctttgtt-ttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T08 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-------gt-atg-tttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcct--attttaggtggagctttaattaatgatctat-taacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
       || ||| | ||   |  | |||  ||    |  |  | |   ||| |||   | | | | ||      || ||||  || ||  |    ||| |  ||||| |  || ||||||| || || ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  |||
gtcagtggtgatgctctgggtgaggtaaactttggggtgact-tatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaaaatataggtgtgatatgtttctttgtt-ttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcct--attttaggtggagctttaattaatgatctat-taacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
       ||   |  | |||  ||    |  |  | |   ||| |||   | | | | ||      || ||||  || ||  |    ||| |  ||||| |  || ||||||| || || ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  |||
------ctgggtgaggtaaactttggggtgact-tatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaaaatataggtgtgatatgtttctttgtt-ttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G040600_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcct--attttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
    |  |   |  |  |||  ||   ||  |  | |   ||| |||   | | | | ||  |   || ||||  ||   |     ||| |  ||||| |  || ||||||| || || ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  |||
----gagttgaatttacaaactttgggatgact-tatttcttgatccatgactcttgctgatgtcatacttaaatataggtgtga-tatgttcctttgtt-ttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGGTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGCCTTCTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G054136_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcct--attttaggtggagctttaattaatgatctat-taacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
               | |||  ||    |  |  | |   ||| |||   | | | | ||      || ||||  || ||  |    ||| |  ||||| |  || ||||||| || || ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  |||
---------------gtaaactttggggtgact-tatttcttgatccatgactcttgctgatttcatacttaaaaatataggtgtgatatgtttctttgtt-ttgcagGAGTTCAAGGGTTATGTCTTCAAGATCATGGGTGGATGTGACAAGCAAGGCTTCCCAATGAAGCAAGGAGTTTTGACTTCTGGTCGTGTTCGTCTTCTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G31700.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtatgtttgt-tagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttag-gtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
        ||  || |   | | || |||  |  || | |   ||    |  ||||  |   |    |  | ||||| | ||    |||  |   ||| || || ||||||| |||||||| |||||||| ||||  ||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| || ||||
--------gtacagattccatttttcttactttgatctaatgagtgtgaagattagcatttcgaagcagatgatgatgt-tttgtttatgaattgttgttattgcagGAGTTCAAAGGATACGTTTTCAAGATCAAGGGTGGTTGCGATAAGCAAGGTTTCCCAATGAAGCAGGGAGTTTTGACTCCAGGCCGTGTTCGCCTTTTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G31700.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttag-gtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
  | ||     || |   | | || |||  |  || | |   ||    |  ||||  |   |    |  | ||||| | ||    |||  |   ||| || || ||||||| |||||||| |||||||| ||||  ||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| || ||||
--aggt---acagattccatttttcttactttgatctaatgagtgtgaagattagcatttcgaagcagatgatgatgt-tttgtttatgaattgttgttattgcagGAGTTCAAAGGATACGTTTTCAAGATCAAGGGTGGTTGCGATAAGCAAGGTTTCCCAATGAAGCAGGGAGTTTTGACTCCAGGCCGTGTTCGCCTTTTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv18s0001g06290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
        || |||    |   || ||||  ||||| ||     | ||| | |  |   || ||||  |||  || ||||    | | |   |||| |     |||| ||||| || ||||| ||||||||||  || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||
--------gtaagcatttaccattgttatg-caatgccaa--aattctactatcagactagatttatataac-atttatttttgtttgtttgtttg-tgtgacagGAATTTAATGGCTATGTATTCAAAATCATGGGAGGCTGTGACAAGCAAGGGTTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTAACTCCTGGTCGTGTTAGTCTCTTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0191g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttaggtggagctttaatt--aatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
                       ||| || |   |   | || ||| ||   ||  | |  ||||  |   |||||| |||| |  ||| | |      |     ||||||| || || ||||| |||||||| |  || || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  ||||||| || || || | |||  |||
----------------------gtatgattttgttacta-ttcttcttaggataacttgccctttgttaggaatgatttattgatgtatcttaagcgtgtttgacagGAGTTCAAGGGTTATGTATTCAAAATAATGGGAGGCTGTGACAAGCAAGGTTTTCCAATGAAGCAGGGAGTACTGACCCCAGGCCGAGTCCAACTTCTGC

upper sequence: GLYMA13G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv03s0017g01350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
                | |  | | || |     | ||     |   ||| | |  |   | || |  || | |||    ||   || | | | |||| |   ||||||| || || ||||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||  |||| ||||| |||||| | || ||||
----------------gtatgccttttctgctcttctcccacttatttatctcatatt--gtttgatctactaatcatacaaaacatgtca-tctgcttc-acagGAGTTCAAGGGCTATGTTTTCAAGATCATGGGTGGTTGTGACAAGCAAGGGTTTCCCATGAAGCAGGGAGTACTGACTCCTGGCCGTGTTAGTCTTTTGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17401349|gb|BM178131.1|BM178131
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGGTATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|208332504|gb|GE126557.1|GE126557
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGG
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAA-GGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGG
EST: gi|298193160|gb|HO033594.1|HO033594
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCACCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298181810|gb|HO025985.1|HO025985
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|208127723|gb|GD924881.1|GD924881
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACGAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|19345970|gb|BM890850.1|BM890850
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298199594|gb|HO043471.1|HO043471
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|151395180|gb|EV265051.1|EV265051
EST:     TTTGGGACAAGAGGACCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|254321711|gb|GR825028.1|GR825028
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|193637975|gb|FK585791.1|FK585791
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|13181264|gb|BG352613.1|BG352613
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGNGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|151400718|gb|EV270532.1|EV270532
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|10710672|gb|BF010390.1|BF010390
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGGTNTAAAAATCACTGTTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|208227537|gb|GE022762.1|GE022762
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAAGGATATGTTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAG
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAA-GGATATGTTTT-CAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAG
EST: gi|207701951|gb|GD683503.1|GD683503
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|208306116|gb|GE105805.1|GE105805
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCTTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298187081|gb|HO034230.1|HO034230
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGCGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|13789946|gb|BG652537.1|BG652537
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|208069774|gb|GD867903.1|GD867903
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|209707806|gb|BW683702.1|BW683702
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|207834771|gb|GD806448.1|GD806448
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAAGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|151401801|gb|EV271614.1|EV271614
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298167226|gb|HO010665.1|HO010665
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|209718263|gb|BW677487.1|BW677487
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|16997182|gb|BM086554.1|BM086554
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|208102096|gb|GD899077.1|GD899077
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|254346474|gb|GR856196.1|GR856196
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|6726918|gb|AW311198.1|AW311198
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|193548205|gb|FK504862.1|FK504862
EST:     AGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: AGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298172238|gb|HO021830.1|HO021830
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|192322367|gb|FK014608.1|FK014608
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGTGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298186880|gb|HO033979.1|HO033979
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298182877|gb|HO031612.1|HO031612
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298180288|gb|HO025489.1|HO025489
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298176490|gb|HO026725.1|HO026725
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|151409894|gb|EV279702.1|EV279702
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|22523471|gb|BU082282.1|BU082282
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|254327970|gb|GR834935.1|GR834935
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298187656|gb|HO034805.1|HO034805
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTGAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|192329629|gb|FK021915.1|FK021915
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|193373433|gb|FK340205.1|FK340205
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|209697660|gb|BW655509.1|BW655509
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|208215523|gb|GE015506.1|GE015506
EST:     TGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAAGGTACCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAAGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TGGGACAAGAGGATCTCCCAGGA-GGT-CCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298171153|gb|HO016185.1|HO016185
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|298168655|gb|HO009585.1|HO009585
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTCGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|18040373|gb|BM308667.1|BM308667
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
EST: gi|193646588|gb|FK591311.1|FK591311
EST:     TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAG                         GAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA
genomic: TTTGGGACAAGAGGATCTCCCAGGAGGTCCTTGGTGACGCCCTGGGTGAGgtatgtttgt ... gctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC
                                         ctttgct  CT-rich tract
            tttaattaatgatcta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttgttagctggaaatcttattatatcaatgtcagttgttcctattttaggtggagctttaattaatgatctattaacctatataactttgctactgaagGAGTTTAAAGGATATGTTTTCAAAATCACTGGTGGGTGTGACAAACAAGGATTCCCAATGAAGCAGGGAGTGTTGACCCCTGGTCGTGTTCGACTCTTGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC