Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatacacttgttctgaattattgaatctcacgtcacagattccggctttactaattaatatcatgaaaatgctgacaaagagaggtggaaaaaaagaggtggaagtgcacatttcataatgatgatttctataatttcctttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G20780.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209708530|gb|BW668141.1|BW668141
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|209710379|gb|BW681278.1|BW681278
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|13311384|gb|BG405035.1|BG405035
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|192324906|gb|FK016092.1|FK016092
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCGG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|12773339|gb|BG238266.1|BG238266
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213598835|gb|DB968306.1|DB968306
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|209711575|gb|BW676820.1|BW676820
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGGGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|13477616|gb|BG507425.1|BG507425
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACCTTGCTGGGG                         GTGCTTCTCAGAATTCAATCAGG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGG
EST: gi|4437142|gb|AI523007.1|AI523007
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|209711086|gb|BW681150.1|BW681150
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|151405346|gb|EV275160.1|EV275160
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|192327273|gb|FK019550.1|FK019550
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGTTACTCAGGATTCAATCAGGGTTG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTG
EST: gi|151404672|gb|EV274486.1|EV274486
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|11687342|gb|BF594982.1|BF594982
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|208207845|gb|GE008088.1|GE008088
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAAATTCAATCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAA-TTCAATCAG
EST: gi|213611486|gb|DB959196.1|DB959196
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|9987590|gb|BE661698.1|BE661698
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213597865|gb|DB958246.1|DB958246
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|19937792|gb|BQ081423.1|BQ081423
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|298174188|gb|HO017524.1|HO017524
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|12773014|gb|BG237941.1|BG237941
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|14126129|gb|BG790567.1|BG790567
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213591667|gb|DB969767.1|DB969767
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213587888|gb|DB959712.1|DB959712
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213605470|gb|DB964609.1|DB964609
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|208273170|gb|GE070092.1|GE070092
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|4395913|gb|AI494910.1|AI494910
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaggtggaagtgcacatttcataatgatgatttctataatttcctttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
                                        tttccttttt  CT-rich tract
                atttcataatgatgat  TA-rich tract