1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gttttgacattcattgactgtctaagttcctgtattaagttatatacaatggttgacttttgtttgagagaaattttaattgcataacagGTTGATGCTCATATTTATTTATGGAAGTGGAATGCAAGAATTGTAATTTCAGACGTTGATGGAACTATTACCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G19730.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAATTTGGTAACCTTCAGTTTCTCTACAAGGGTTCTCGGAACACAACAG GTTGATGCTCATATTTATTTATGGAAGTGGAATGCAAGAATTGTAATTTCAEST: gi|13479791|gb|BG509134.1|BG509134
genomic: AAAATTTGGTAACCTTCAGTTTCTCCACAAGGGTTCTTGGAACACAACAGgttttgacat ... tgcataacagGTTGATGCTCATATTTATTTATGGAAGTGGAATGCAAGAATTGTAATTTCA
EST: AAAATTTGGTAACCTTCAGTTTCTCCACAAGGGTTCTTGGAACACAACAG GTTGATGCTCATATTTATTTATGGAAGTGGAATGCAAGAATTGTAATTTCAEST: gi|5760836|gb|AI966199.1|AI966199
genomic: AAAATTTGGTAACCTTCAGTTTCTCCACAAGGGTTCTTGGAACACAACAGgttttgacat ... tgcataacagGTTGATGCTCATATTTATTTATGGAAGTGGAATGCAAGAATTGTAATTTCA
EST: AAAATTTGGTAACCTTCAGTTTCTCCACAAGGGTTCTTGGAACACAACAG GTTGATGCTCATATT
genomic: AAAATTTGGTAACCTTCAGTTTCTCCACAAGGGTTCTTGGAACACAACAGgttttgacat ... tgcataacagGTTGATGCTCATATT
taagttatatacaatggttgacttttgtttgagagaaattttaattgcataacagGTTGATGCTCATATTTATTTATGGAAGTGGAATGCAAGAATTGTAATTTCAGACGTTGATGGAACTATTACCAA
ttttaat putative branch site (score: 3)
aaattttaattgcata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttttgacattcattgactgtctaagttcctgtattaagttatatacaatggttgacttttgtttgagagaaattttaattgcataacagGTTGATGCTCATATTTATTTATGGAAGTGGAATGCAAGAATTGTAATTTCAGACGTTGATGGAACTATTACCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA