1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tatattaattcttatggaaagggattaagacttcccttcctattgactattttttgttatatttaattggagcatgtaacttatcttacttgcacatcagATATCACTTGCGGCAGGGGTAGCCATCATAACTTATGCTGGTCTAGCTGGACAAGATGTGTGGAAAGAATTTTACCAGTACTTCAGGGAAAGCAAATTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G11710.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTTAAAACATGGCCTTTGAATTTCCTGGAATCAAAAGTAACTGCAATG ATATCACTTGCGGCAGGGGTAGCCATCATAACTTATGCTGGTCTAGCTGGA
genomic: AGCTTAAAACATGGCCTTTGAATTTCCTGGAATCAAAAGTAACTGCAATGgtaatgctca ... tgcacatcagATATCACTTGCGGCAGGGGTAGCCATCATAACTTATGCTGGTCTAGCTGGA
actattttttgttatatttaattggagcatgtaacttatcttacttgcacatcagATATCACTTGCGGCAGGGGTAGCCATCATAACTTATGCTGGTCTAGCTGGACAAGATGTGTGGAAAGAATTTTACCAGTACTTCAGGGAAAGCAAATTT
tcttactt CT-rich tract
tttttgttatatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatattaattcttatggaaagggattaagacttcccttcctattgactattttttgttatatttaattggagcatgtaacttatcttacttgcacatcagATATCACTTGCGGCAGGGGTAGCCATCATAACTTATGCTGGTCTAGCTGGACAAGATGTGTGGAAAGAATTTTACCAGTACTTCAGGGAAAGCAAATTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - cttatgg
- - - - - - - - - - - - - - - cttccct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgta