Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatctatctcactctccacgtgctattagcattatattatgattaattgattgatcccagccccagGTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAAGCCTGTAAAAATGCTCACCACAATGCCACCGTTGAGACCCACTTTCTTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G37130.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13125368|gb|BG315938.1|BG315938
EST:     CTTAGGAGGCTCATTACAACCTATCACGCGCTCTCTTTCTGTTCCTCCTG                         GTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAAG
genomic: CTTAGGAGGCTCATTACAACCTATCACGCGCTCTCTTTCTGTTCCTCCTGgtatctatct ... ccagccccagGTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAAG
EST: gi|14012032|gb|BG726963.1|BG726963
EST:     AGGCTCATTACAACCTATCACGCGCTCTCTTTCTGCTCCTCCTGCCCCAG                         GTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAA
genomic: AGGCTCATTACAACCTATCACGCGCTCTCTTTCTG-T--TCCT---CCTGgtatctatct ... ccagccccagGTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAA
EST: gi|192297062|gb|FG990333.1|FG990333
EST:     CTTAGGAGGCTCATTACAACCTATCACGCGCTCTCTTTCTGCTCCTCCTG                         GTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAAG
genomic: CTTAGGAGGCTCATTACAACCTATCACGCGCTCTCTTTCTGTTCCTCCTGgtatctatct ... ccagccccagGTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctctccacgtgctattagcattatattatgattaattgattgatcccagccccagGTGGCGTGGAAAAGCTTATTGTCATGGATGCCTCCTATGATATGCTTCAAGCCTGTAAAAATGCTCACCACAATGCCACCGTTGAGACCCACTTTCTTGT
            tattagcattatatta  TA-rich tract