1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...atgattaaatataaatagtaacatttttatcccctttccttaactttctaggctttcatattactttcaacttatagctcaatggttggtttctgatcagGTGAAGCTCATTAAAGAGGAATTTGGGTATGATGATGGATTCAACTACAATAAGGAATCAGATTTTGATGCCGCTTTAAGCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G31970.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTAAGATTCGAGGTTGTAGGGTCATCGGAAGCACTGGCTCCGACGAAAAG GTGAAGCTCATTAAAGAGGAATTTGGGTATGATGATGGATTCAACTACAAT
genomic: CTAAGATTCGAGGTTGTAGGGTCATCGGAAGCACTGGCTCCGACGAAAAGgtaaacttta ... ttctgatcagGTGAAGCTCATTAAAGAGGAATTTGGGTATGATGATGGATTCAACTACAAT
ttctaggctttcatattactttcaacttatagctcaatggttggtttctgatcagGTGAAGCTCATTAAAGAGGAATTTGGGTATGATGATGGATTCAACTACAATAAGGAATCAGATTTTGATGCCGCTTTAAGCAA
tttct CT-rich tract
tttcatattacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgattaaatataaatagtaacatttttatcccctttccttaactttctaggctttcatattactttcaacttatagctcaatggttggtttctgatcagGTGAAGCTCATTAAAGAGGAATTTGGGTATGATGATGGATTCAACTACAATAAGGAATCAGATTTTGATGCCGCTTTAAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - aaatataa
- - - - - - - - - - - - - - -tcccctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttgg