Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgatttgacataatctgtaatatacttgaagctaatatttggataaaactgtagtagtccatatattaaaaaaatgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACATCTGGGGGAAGCATTCATCGGAACTATGATTTACTTCTTCGCCATAGGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G31940.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G31940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv12s0059g00750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----gtttgatttgacataatctgtaat--atacttgaagctaatatttggataaaactgtagtagtccatatattaaaaaaat-------gtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACATCTGGGGGAAGCATTCATCGGAACTATGATTTACTTCTTCGCCATAGGC
    |  ||   |||  | ||    | |   |     ||      |||    |||     |  |  |   || |||       |       ||  | |||||||||||  | |||| |||||| ||||   | ||||| || || ||| | |  || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||
aacagaatggaatgatttcattcaaattcggtgtccaaatgcctcattgaattaatgacctgatcctttttacatttgttctgttgtttctgttttgcagGCTGTTGAATTGTGGTTGGCTGAAAAAGCAGTTCTTCCCATTGAGAATTCTTTAGGTGGAAGCATCCATCGTAACTATGATTTACTCCTTCGTCATAGGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17519816|gb|BM188858.1|BM188858
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|9902934|gb|BE611902.1|BE611902
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTNTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|207749750|gb|GD718116.1|GD718116
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|22524834|gb|BU083645.1|BU083645
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|20812771|gb|BQ297249.1|BQ297249
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|21889176|gb|BQ742389.1|BQ742389
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGAC
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGAC
EST: gi|27424260|gb|CA935780.1|CA935780
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGTTTTGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|17964312|gb|BM271049.1|BM271049
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATA
EST: gi|26048745|gb|CA785198.1|CA785198
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GGTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCCATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|208251794|gb|GE045513.1|GE045513
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|22523114|gb|BU081925.1|BU081925
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|20812705|gb|BQ297183.1|BQ297183
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|208261543|gb|GE059968.1|GE059968
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|6454726|gb|AW185409.1|AW185409
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGA-TTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|22521790|gb|BU080592.1|BU080592
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
EST: gi|7924063|gb|AW830071.1|AW830071
EST:     ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAG                         GCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA
genomic: ACCCTAATTGTGAAACAGTTTCATGCAATGACTTTGAAGAAGCTTTTAAGgtttgatttg ... tgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agctaatatttggataaaactgtagtagtccatatattaaaaaaatgtcctacagGCTGTTGAGATATGGTGGGCTGACAAAGTTATCCTTCCAATAGAAAATACATCTGGGGGAAGCATTCATCGGAACTATGATTTACTTCTTCGCCATAGGC
 agctaat  putative branch site (score: 3)
                         tagtccatatattaaa  TA-rich tract