1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...attaatcttcaccaagaaataatatgaggatctttgatgagtcaataacttggttctttgctagaaatccttattgatgcaagattgtttaatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGAACCTGAAGCTATTGATAGAGGGAGGAGGCAAAGAGCATAAGTTGGGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09940.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGEST: gi|38191218|gb|CF920424.1|CF920424
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGEST: gi|38192341|gb|CF921547.1|CF921547
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGEST: gi|192333063|gb|FK024712.1|FK024712
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGEST: gi|37996110|gb|CF807699.1|CF807699
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAATGGTTGCTAAGEST: gi|254331044|gb|GR842309.1|GR842309
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGEST: gi|213620026|gb|DB977002.1|DB977002
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGEST: gi|254329114|gb|GR833486.1|GR833486
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGEST: gi|37996622|gb|CF808211.1|CF808211
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
EST: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAA GAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
genomic: TGAAGGGCAAGAGCAATATTTTTGCAATTGGAGATATTACAGATGTTCAAgtaagtgtta ... aatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAG
taacttggttctttgctagaaatccttattgatgcaagattgtttaatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGAACCTGAAGCTATTGATAGAGGGAGGAGGCAAAGAGCATAAGTTGGGAA
attgtttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attaatcttcaccaagaaataatatgaggatctttgatgagtcaataacttggttctttgctagaaatccttattgatgcaagattgtttaatgtgacagGAAATCAAACAAGGGATGTATGCAAGTGCTCATGCTCAAGTGGTTGCTAAGAACCTGAAGCTATTGATAGAGGGAGGAGGCAAAGAGCATAAGTTGGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - cttcacc
- - - - - - -aagaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcaaga