Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtatctttcattgttttttagaaaaatgcacaagtgagagtatgtcattttaagttttttgtgctacatgtcttttcctaaaatttcttatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGAAGCATCATTTAACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G07070.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208282623|gb|GE074617.1|GE074617
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTC
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTC
EST: gi|16344867|gb|BI970462.1|BI970462
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGNNAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|193552430|gb|FK509453.1|FK509453
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCTGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTNCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGA
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGA
EST: gi|193681439|gb|FK623273.1|FK623273
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|192297076|gb|FG992012.1|FG992012
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|21678204|gb|BQ630555.1|BQ630555
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|21887532|gb|BQ740745.1|BQ740745
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|193530550|gb|FK484453.1|FK484453
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGG-TTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|26047352|gb|CA784170.1|CA784170
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|208095039|gb|GD893238.1|GD893238
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGA
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGA
EST: gi|209706955|gb|BW653171.1|BW653171
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|207687689|gb|GD668486.1|GD668486
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|12691483|gb|BG157819.1|BG157819
EST:     CCATATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGCTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: gi|151409664|gb|EV279472.1|EV279472
EST:     CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG                         CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcattttaagttttttgtgctacatgtcttttcctaaaatttcttatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGAAGCATCATTTAACA
                                tcctaaa  putative branch site (score: 2)
 tttcttattt  CT-rich tract
 ttttcctaaaatttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtatctttcattgttttttagaaaaatgcacaagtgagagtatgtcattttaagttttttgtgctacatgtcttttcctaaaatttcttatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGAAGCATCATTTAACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - aatgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctaca