1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttgtatctttcattgttttttagaaaaatgcacaagtgagagtatgtcattttaagttttttgtgctacatgtcttttcctaaaatttcttatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGAAGCATCATTTAACA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G07070.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCEST: gi|16344867|gb|BI970462.1|BI970462
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTC
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGNNAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|193552430|gb|FK509453.1|FK509453
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCTGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTNCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGAEST: gi|193681439|gb|FK623273.1|FK623273
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGA
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|192297076|gb|FG992012.1|FG992012
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|21678204|gb|BQ630555.1|BQ630555
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|21887532|gb|BQ740745.1|BQ740745
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|193530550|gb|FK484453.1|FK484453
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGG-TTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|26047352|gb|CA784170.1|CA784170
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|208095039|gb|GD893238.1|GD893238
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGAEST: gi|209706955|gb|BW653171.1|BW653171
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGA
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|207687689|gb|GD668486.1|GD668486
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|12691483|gb|BG157819.1|BG157819
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCATATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGCTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGEST: gi|151409664|gb|EV279472.1|EV279472
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
EST: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTG CTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
genomic: CCAAATTTGGGATACTGCAGGGCAGGAGCGGTTTCGGACAATTACAACTGgtaagattta ... tatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATG
gtcattttaagttttttgtgctacatgtcttttcctaaaatttcttatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGAAGCATCATTTAACA
tcctaaa putative branch site (score: 2)
tttcttattt CT-rich tract
ttttcctaaaatttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtatctttcattgttttttagaaaaatgcacaagtgagagtatgtcattttaagttttttgtgctacatgtcttttcctaaaatttcttatttggcagCTTACTACCGTGGTGCTATGGGCATATTGCTAGTCTATGATGTTACAGATGAAGCATCATTTAACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - aatgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctaca