Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgtagatagaatttggataatatttactataataggttacaagattagcctctgcggtggttggatttgtttgttattgcatcctctgggcttaatgttttgtgtttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCCATCATGGTGTTGATAAGGAGGGAAGGCCTGTTTACATTGAGAGACTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G04460.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G04460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv03s0038g04470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaaatgtagatagaatttggataatatttactataataggttacaagattagcctctgcggtggttggatttgtttgttattgcatcctctgg---gcttaa-tgttttgtgtttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCCATCATGGTGTTGATAAGGAGGGAAGGCCTGTTTACATTGAGAGACTTG
                         ||| ||     ||| |  | |        ||      |  |  |   |||||  ||    || || ||    | |||  |||||  | ||    | |||||||||||||||||||  |  |||| ||  |||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
----------------------gtctatctatctatatatgc-atatatcctttcttcaattttataagtgctgttttgtaccaaattctttgacatgtttacctgtttgatattgttatcagGATTTTGAGTTCAAAGAGTTGAATGAGGTGTTGAAATACTATCCCCATGGTCATCATGGTGTGGATAAGGAGGGAAGACCTGTTTACATTGAAAGACTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208339546|gb|GE133582.1|GE133582
EST:     CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCNCATGGC
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|193702779|gb|FK637853.1|FK637853
EST:     ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|193512335|gb|FK468217.1|FK468217
EST:     CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTAT
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTAT
EST: gi|151397966|gb|EV267839.1|EV267839
EST:     CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|208161621|gb|GD959721.1|GD959721
EST:     CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|193548670|gb|FK509583.1|FK509583
EST:     ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|207752114|gb|GD723169.1|GD723169
EST:     CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|208088899|gb|GD889899.1|GD889899
EST:     GATATGTCTACTAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: GATATG-CTAC-AATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|193484721|gb|FK449901.1|FK449901
EST:     ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: gi|208239380|gb|GE041252.1|GE041252
EST:     CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATG
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATG
EST: gi|208302256|gb|GE096983.1|GE096983
EST:     CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG                         GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttggatttgtttgttattgcatcctctgggcttaatgttttgtgtttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCCATCATGGTGTTGATAAGGAGGGAAGGCCTGTTTACATTGAGAGACTTG
                              gcttaat  putative branch site (score: 4)
     atttgtttgttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatgtagatagaatttggataatatttactataataggttacaagattagcctctgcggtggttggatttgtttgttattgcatcctctgggcttaatgttttgtgtttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCCATCATGGTGTTGATAAGGAGGGAAGGCCTGTTTACATTGAGAGACTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG