1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtattgctttttatttatgctataatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgtaatgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAATCCCGGAAAGGGCTTGTGCATGGATGTCTCATGGTTTCATGAGTGTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G37760.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGCCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAEST: gi|193671274|gb|FK609532.1|FK609532
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGCCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAEST: gi|209717413|gb|BW659075.1|BW659075
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAEST: gi|193303873|gb|FK273543.1|FK273543
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAEST: gi|209711825|gb|BW674085.1|BW674085
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGEST: gi|193511232|gb|FK470797.1|FK470797
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCG
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGEST: gi|209712740|gb|BW681594.1|BW681594
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTG
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAEST: gi|209708390|gb|BW665363.1|BW665363
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
tgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAATCCCGGAAAGGGCTTGTGCATGGATGTCTCATGGTTTCATGAGTGTAA
tgttgat putative branch site (score: 4)
tctcctcctctttcaa CT-rich tract
aaagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattgctttttatttatgctataatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgtaatgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAATCCCGGAAAGGGCTTGTGCATGGATGTCTCATGGTTTCATGAGTGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA