Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttattctctttgcctctttctatctttatcatcttcatctgtagttttgtgtacctgatcaatctttatccaaattgatcaagcttaaaactatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCCGTTGAAGAGGTTAAAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G34980.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G34980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G11270.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------------------------cttattctctttgcctctttctatc-tttatcatcttcatctgtagttttg-tgtacctgatcaatct-ttatccaaatt--gatcaagcttaaaactatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCCGTTGAAGAGGTTAAAGAG
                                                                            |||         |  |||  | | || |  ||||   |||    | ||| |  |||| ||   | | |||      ||   |||    ||     | | ||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||  ||||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||         
gtaagaccaaaatcagtctaaaatatgagatatgatggtctaatctaatatatggtttggtggtctgtttaagttatatatgtacaaacgttttaaagcattcacaatctatctctcctctcttgctagaccttatttctgtattacttcggttttaatcttagtttctggtgttgcagCTACGTTCCAAATCCAGTGTTGGTCATTATTGATGTCCAACCTAAAGAACTTGGAATCCCCACAAAAGCATACTATGCGGTTGAGGAG---------

upper sequence: GLYMA11G34980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G05780.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------------------------------------------cttattctctttgcctctttctatctttatcatcttcatctgtagttttgtgtacct---gatcaatctttatccaaa-ttgatcaagcttaaaactatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCCGTTGAAGAGGTTAAAGAG
                                                                                    |||   |||         | | | | || |   ||  |   ||||| |||  ||   | |  ||||  |   ||  || |    ||||     | | ||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||  | ||||| ||| | |||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| |||
gttagtttccagtttaatcattcagatatcaattgattggcctttatggattgaggatcttctggttcttaaattgtgataaagatttgttttaggctgaaatctgtgtttctttcccactttacgttttttgtggcttcggtttcatctccaattaaggttcactttgcttttggtt-ttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCTACCAAAGCATACTATGCAGTGGAGGAGGTTAAGGAG

upper sequence: GLYMA11G34980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G05780.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------------------------------------------cttattctctttgcctctttctatctttatcatcttcatctgtagttttgtgtacct---gatcaatctttatccaaa-ttgatcaagcttaaaactatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCCGTTGAAGAGGTTAAAGAG
                                                                                    |||   |||         | | | | || |   ||  |   ||||| |||  ||   | |  ||||  |   ||  || |    ||||     | | ||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||  | ||||| ||| | |||||||| || |||||||| ||||| || || |||         
gttagtttccagtttaatcattcagatatcaattgattggcctttatggattgaggatcttctggttcttaaattgtgataaagatttgttttaggctgaaatctgtgtttctttcccactttacgttttttgtggcttcggtttcatctccaattaaggttcactttgcttttggtt-ttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCTACCAAAGCATACTATGCAGTGGAGGAG---------

upper sequence: GLYMA11G34980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G11270.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------------------------cttattctctttgcctctttctatc-tttatcatcttcatctgtagttttg-tgtacctgatcaatct-ttatccaaatt--gatcaagcttaaaactatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCCGTTGAAGAGGTTAAAGAG
                                                                            |||         |  |||  | | || |  ||||   |||    | ||| |  |||| ||   | | |||      ||   |||    ||     | | ||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||  ||||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||
gtaagaccaaaatcagtctaaaatatgagatatgatggtctaatctaatatatggtttggtggtctgtttaagttatatatgtacaaacgttttaaagcattcacaatctatctctcctctcttgctagaccttatttctgtattacttcggttttaatcttagtttctggtgttgcagCTACGTTCCAAATCCAGTGTTGGTCATTATTGATGTCCAACCTAAAGAACTTGGAATCCCCACAAAAGCATACTATGCGGTTGAGGAGGTGAAAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208231458|gb|GE029433.1|GE029433
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|254323156|gb|GR835764.1|GR835764
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193452589|gb|FK418015.1|FK418015
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207752168|gb|GD724525.1|GD724525
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|6071648|gb|AW101035.1|AW101035
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193363769|gb|FK330485.1|FK330485
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193347090|gb|FK310960.1|FK310960
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193562849|gb|FK518652.1|FK518652
EST:     TTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: TTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|58016090|gb|CX702832.1|CX702832
EST:     GTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATC-TGNACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACNTAAGGAATT
genomic: GTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTG-ACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193497923|gb|FK462499.1|FK462499
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207786629|gb|GD759134.1|GD759134
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207781762|gb|GD754439.1|GD754439
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGG
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGG
EST: gi|193732371|gb|FK668361.1|FK668361
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193408977|gb|FK371609.1|FK371609
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|208317923|gb|GE116676.1|GE116676
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|208106759|gb|GD902320.1|GD902320
EST:     GCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGG
genomic: GCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGG
EST: gi|208269553|gb|GE070351.1|GE070351
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193350354|gb|FK317442.1|FK317442
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193302125|gb|FK266960.1|FK266960
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207836671|gb|GD806668.1|GD806668
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|6718815|gb|AW306462.1|AW306462
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAACATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGATCCAAATCCTGTCTTGGTTATAAT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAAT
EST: gi|208079786|gb|GD873748.1|GD873748
EST:     TCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTAATTTAAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTG
genomic: TCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTA-TTTAA-TGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTG
EST: gi|193358044|gb|FK319672.1|FK319672
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|58017218|gb|CX703960.1|CX703960
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATG-TGAACCTNAAGGAAT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCT-AAGGAAT
EST: gi|193702807|gb|FK639197.1|FK639197
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|208165655|gb|GD959443.1|GD959443
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|24136280|gb|BU926790.1|BU926790
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|208205725|gb|GE006136.1|GE006136
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207759617|gb|GD733976.1|GD733976
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|58017413|gb|CX704155.1|CX704155
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207840530|gb|GD812655.1|GD812655
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTT
EST: gi|208056626|gb|GD850343.1|GD850343
EST:     AAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: AAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207811079|gb|GD783000.1|GD783000
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|193429218|gb|FK398016.1|FK398016
EST:     GTCCAAAGCTGCGCGTAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAAT
genomic: GTCCAAAGCTGCGCG-AAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAA-T
EST: gi|193645638|gb|FK588282.1|FK588282
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGT
EST: gi|193532136|gb|FK489338.1|FK489338
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATC
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATC
EST: gi|298172443|gb|HO019483.1|HO019483
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|208333750|gb|GE132031.1|GE132031
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
EST: gi|207824956|gb|GD797172.1|GD797172
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTAGAACCTAAGGAAT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTT-GAACCTAAGGAAT
EST: gi|151411180|gb|EV280991.1|EV280991
EST:     GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGA                         CTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT
genomic: GGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATGAgtatgtttat ... actatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgtgtacctgatcaatctttatccaaattgatcaagcttaaaactatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCCGTTGAAGAGGTTAAAGAG
                            aattgat  putative branch site (score: 4)
                                        ttaaaactat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttattctctttgcctctttctatctttatcatcttcatctgtagttttgtgtacctgatcaatctttatccaaattgatcaagcttaaaactatcgcagCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCCGTTGAAGAGGTTAAAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - ctttgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - catctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtac