1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gggattaacatgttttttactctatatggagtttggtattaatttgttctgtaggcttttcctatataaaacttagagcaaatgtcacaaaaaatttcagGCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGTGGGTACATACAGGAGATCTTGGATATTTTGATGAAGATGGACAACTTTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G20020.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAG GCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGTEST: gi|17153148|gb|BM143081.1|BM143081
genomic: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAGgtagagtgca ... aaaatttcagGCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGT
EST: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAG GCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGTEST: gi|6134407|gb|AW132800.1|AW132800
genomic: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAGgtagagtgca ... aaaatttcagGCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGT
EST: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAG GCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGTEST: gi|192312245|gb|FK003938.1|FK003938
genomic: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAGgtagagtgca ... aaaatttcagGCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGT
EST: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAG GCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGT
genomic: TCCTAGACAGTTGGGAGAGATATGGGTGCGGGGACCTAACATGATGCAAGgtagagtgca ... aaaatttcagGCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGT
gttctgtaggcttttcctatataaaacttagagcaaatgtcacaaaaaatttcagGCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGTGGGTACATACAGGAGATCTTGGATATTTTGATGAAGATGGACAACTTTA
ttttcctatataaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggattaacatgttttttactctatatggagtttggtattaatttgttctgtaggcttttcctatataaaacttagagcaaatgtcacaaaaaatttcagGCTATCACAACAATCCAGAGGCCACGAGATTGACTATAGATAAAAAAGGGTGGGTACATACAGGAGATCTTGGATATTTTGATGAAGATGGACAACTTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - catgttt
- - - - - - - - - - - - - - gagtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcaca