1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ggtttgagatgccgctttacagtgaagttgtagaaatatatatggtttagttcaatgaggtattttctgctgcaatttctaaatttgaattctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCATTGGATGTGGCAAACAAGATTGGGATTATCTAAGGTAGTACCTAGGCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G15230.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|22522979|gb|BU081790.1|BU081790
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|56173131|gb|CV997257.1|CV997257
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192305205|gb|FG993957.1|FG993957
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|7041642|gb|AW471594.1|AW471594
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|31463801|gb|CD405829.1|CD405829
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGAAATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192308707|gb|FG999760.1|FG999760
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192334633|gb|FK025866.1|FK025866
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|6071968|gb|AW101355.1|AW101355
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|151412074|gb|EV281886.1|EV281886
genomic: GAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|31306247|gb|CD391450.1|CD391450
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|209728121|gb|BW655356.1|BW655356
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|209728122|gb|BW655357.1|BW655357
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|9821013|gb|BE556523.1|BE556523
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|10235468|gb|BE804356.1|BE804356
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|26043872|gb|CA782203.1|CA782203
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192308708|gb|FG999761.1|FG999761
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192317680|gb|FK009020.1|FK009020
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|208162112|gb|GD965223.1|GD965223
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAG-AAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|6071754|gb|AW101141.1|AW101141
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192334634|gb|FK025867.1|FK025867
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|254329539|gb|GR839092.1|GR839092
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|7588837|gb|AW704624.1|AW704624
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|254329540|gb|GR839093.1|GR839093
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|18040796|gb|BM309090.1|BM309090
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|193658730|gb|FK600777.1|FK600777
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAGAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|58023447|gb|CX710188.1|CX710188
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192317679|gb|FK009019.1|FK009019
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|213613664|gb|DB963324.1|DB963324
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|5605689|gb|AI899850.1|AI899850
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|58015104|gb|CX701846.1|CX701846
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|213603097|gb|DB980993.1|DB980993
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|193441954|gb|FK407821.1|FK407821
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAGAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|208124170|gb|GD920984.1|GD920984
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGAEST: gi|13240461|gb|BG359770.1|BG359770
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGA
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|31460067|gb|CD402095.1|CD402095
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192332926|gb|FK025023.1|FK025023
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|192329617|gb|FK023695.1|FK023695
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|151405988|gb|EV275803.1|EV275803
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|151403678|gb|EV273488.1|EV273488
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCEST: gi|151402792|gb|EV272605.1|EV272605
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
EST: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAG GCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
genomic: GTGAAGAAAATGTATGACATCCAGGCCAAGAAAGTTAACACCTTGATCAGgtgagcaact ... tctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGC
tttagttcaatgaggtattttctgctgcaatttctaaatttgaattctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCATTGGATGTGGCAAACAAGATTGGGATTATCTAAGGTAGTACCTAGGCA
ttctaaa putative branch site (score: 2)
ttctgtt putative PPT
aatttctaaatttgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtttgagatgccgctttacagtgaagttgtagaaatatatatggtttagttcaatgaggtattttctgctgcaatttctaaatttgaattctgttgcagGCCTGATGGAACCAAGAAGGCTTATGTCCGGTTGACCCCTGATTACGATGCATTGGATGTGGCAAACAAGATTGGGATTATCTAAGGTAGTACCTAGGCA
- - - -gatgccg
- - - - - - - - -tacagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgag