1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aaatatgccatgccatacttaaagtgtaaatgtttgaaagttttttttttttttttgctgatgatttgtgaattttattgcatggatcttattcttgtagATAGTGGATATGCTTGGATATGACTCAGCTAAATCTGACCAAACTTTAGTCTATGTTCTGACGCTTGGAGTAGTGGAAGCATATAGAAGTCTTGGAGTAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G01170.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTCATTGGATTTGTAACAGCAAGGATTGTTCTTGCAAAAGAAAGTGAG ATAGTGGATATGCTTGGATATGACTCAGCTAAATCTGACCAAACTTTAGTCEST: gi|298187783|gb|HO031740.1|HO031740
genomic: AACTCATTGGATTTGTAACAGCAAGGATTGTTCTTGCAAAAGAAAGTGAGgttgacccca ... attcttgtagATAGTGGATATGCTTGGATATGACTCAGCTAAATCTGACCAAACTTTAGTC
EST: AACTCATTGGATTTGTAACAGCAAGGATTGTTCTTGCAAAAGAAAGTGTG ATAGTGGATATGCTTGGATA
genomic: AACTCATTGGATTTGTAACAGCAAGGATTGTTCTTGCAAAAGAAAGTGAGgttgacccca ... attcttgtagATAGTGGATATGCTTGGATA
tttttttttttgctgatgatttgtgaattttattgcatggatcttattcttgtagATAGTGGATATGCTTGGATATGACTCAGCTAAATCTGACCAAACTTTAGTCTATGTTCTGACGCTTGGAGTAGTGGAAGCATATAGAAGTCTTGGAGTAG
tgctgat putative branch site (score: 3)
tcttattctt putative PPT
atttgtgaattttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatatgccatgccatacttaaagtgtaaatgtttgaaagttttttttttttttttgctgatgatttgtgaattttattgcatggatcttattcttgtagATAGTGGATATGCTTGGATATGACTCAGCTAAATCTGACCAAACTTTAGTCTATGTTCTGACGCTTGGAGTAGTGGAAGCATATAGAAGTCTTGGAGTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - catgcca
- - - - - - - - - - - - - - -atgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgga