1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagcttttaatgcttttcctctcgttagttatgcatataacattccaatttccagcacttataaattcttgatgattaagttgtttaatattgatcaatgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGGTTGTCAGAGGCTAATGCTGACACTATAAGGAGAGCACATGCTGTTCATC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G38900.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACT ATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGGEST: gi|192298199|gb|FG992049.1|FG992049
genomic: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACTgtaagctttt ... tgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGG
EST: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACT ATGGGAGAGCTCAAACAGTTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGGEST: gi|151407405|gb|EV277220.1|EV277220
genomic: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACTgtaagctttt ... tgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGG
EST: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACT ATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGGEST: gi|58018266|gb|CX705008.1|CX705008
genomic: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACTgtaagctttt ... tgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGG
EST: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACT ATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGGEST: gi|4291783|gb|AI441811.1|AI441811
genomic: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACTgtaagctttt ... tgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGG
EST: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACT ATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGG
genomic: ATTTATACTATCAACATCGTGTTGACACTTCAGTGCCAATTGAAGACACTgtaagctttt ... tgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGG
agcacttataaattcttgatgattaagttgtttaatattgatcaatgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGGTTGTCAGAGGCTAATGCTGACACTATAAGGAGAGCACATGCTGTTCATC
tattgat putative branch site (score: 3)
ttataaattcttgatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcttttaatgcttttcctctcgttagttatgcatataacattccaatttccagcacttataaattcttgatgattaagttgtttaatattgatcaatgcatgaaagATGGGAGAGCTCAAACAGCTTGTAAATGAAGGAAAGATAAAATATATTGGGTTGTCAGAGGCTAATGCTGACACTATAAGGAGAGCACATGCTGTTCATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT