Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatagagtctatggtgcaagctatagattgaaaatgtggactttgcttatctccaaatgaaattcaattatctactaacattgtgttggttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATTAGACGCGCCTCACTTCCTTGGCACGCGCTATTTGGGCTGTTTGTATTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38070.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151408625|gb|EV278433.1|EV278433
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|4290335|gb|AI438059.1|AI438059
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|151405608|gb|EV275422.1|EV275422
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|192319998|gb|FK013340.1|FK013340
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|15814604|gb|BI786879.1|BI786879
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|7234688|gb|AW570023.1|AW570023
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|21888048|gb|BQ741261.1|BQ741261
EST:     TCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: TCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|192319999|gb|FK013341.1|FK013341
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254337148|gb|GR849208.1|GR849208
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|10231677|gb|BE800565.1|BE800565
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254345411|gb|GR855854.1|GR855854
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|18039057|gb|BM307351.1|BM307351
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254337147|gb|GR849207.1|GR849207
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|16280049|gb|BI943756.1|BI943756
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGGCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|38192319|gb|CF921525.1|CF921525
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAC                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254326323|gb|GR840915.1|GR840915
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|9565402|gb|BE474911.1|BE474911
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTNGGTGATNCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACA
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTG-TGAT-CTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACA
EST: gi|10710699|gb|BF010417.1|BF010417
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAAACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|9264563|gb|BE352710.1|BE352710
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|26048929|gb|CA785382.1|CA785382
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254342179|gb|GR853316.1|GR853316
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|151408871|gb|EV278679.1|EV278679
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|15812487|gb|BI784762.1|BI784762
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|23731121|gb|BU763671.1|BU763671
EST:     GTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGTTGGGACTCCAGACATT
genomic: GTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254321911|gb|GR837325.1|GR837325
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|192322181|gb|FK014077.1|FK014077
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|151408369|gb|EV278177.1|EV278177
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|151410262|gb|EV280077.1|EV280077
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254347556|gb|GR853805.1|GR853805
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254342180|gb|GR853317.1|GR853317
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|21994923|gb|BQ786451.1|BQ786451
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|151410498|gb|EV280313.1|EV280313
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|19938509|gb|BQ081753.1|BQ081753
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|6846703|gb|AW348993.1|AW348993
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|4302149|gb|AI443292.1|AI443292
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGNGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTC
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTC
EST: gi|6719741|gb|AW307388.1|AW307388
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACAT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTT-CTTCCCTGGTGGGACTCCAGACAT
EST: gi|254314236|gb|GR831865.1|GR831865
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|209718252|gb|BW657857.1|BW657857
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254343339|gb|GR857043.1|GR857043
EST:     GTTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|41145425|gb|CK605636.1|CK605636
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|192328409|gb|FK020120.1|FK020120
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|58025409|gb|CX712150.1|CX712150
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|16106294|gb|BI894034.1|BI894034
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|21993945|gb|BQ785482.1|BQ785482
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGA
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGA
EST: gi|192327233|gb|FK019540.1|FK019540
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254321912|gb|GR837326.1|GR837326
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|17401512|gb|BM178294.1|BM178294
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|21602820|gb|BQ613151.1|BQ613151
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|17519804|gb|BM188846.1|BM188846
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|9565374|gb|BE474883.1|BE474883
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|16104949|gb|BI892689.1|BI892689
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         CGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|4313846|gb|AI460965.1|AI460965
EST:     GAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|254345410|gb|GR855853.1|GR855853
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|192326101|gb|FK016943.1|FK016943
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|192322404|gb|FK014885.1|FK014885
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCCTGGTGGGACTCCAGACA
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGG-TTTGTGATCTTTTTCTTCCC-TGGTGGGACTCCAGACA
EST: gi|151399314|gb|EV269185.1|EV269185
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
EST: gi|58015137|gb|CX701879.1|CX701879
EST:     GCTTGCATTCCTGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTCTATGGCATTCAG                         CGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaacaaac ... ttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttatctccaaatgaaattcaattatctactaacattgtgttggttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATTAGACGCGCCTCACTTCCTTGGCACGCGCTATTTGGGCTGTTTGTATTTG
                            tactaac  putative branch site (score: 0)
                                             ttccct  putative PPT
          aaatgaaattcaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatagagtctatggtgcaagctatagattgaaaatgtggactttgcttatctccaaatgaaattcaattatctactaacattgtgttggttccctgaagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCAGACATTAGACGCGCCTCACTTCCTTGGCACGCGCTATTTGGGCTGTTTGTATTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - -gtctatg
- - - - - - - -tgcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgttgg