Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgtatgtatgaatgcacttactcttccatcaaattatgttttttcattgctttaaccaaaacttcacagttaacattcacttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAGTTTGGGGTCCCAGGGAATTTCTAAAGTTCATCTTTATAGTTAACTTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35620.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193681529|gb|FK623307.1|FK623307
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|193592131|gb|FK545993.1|FK545993
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|208304855|gb|GE102724.1|GE102724
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|207804260|gb|GD775851.1|GD775851
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|208124761|gb|GD924207.1|GD924207
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|208247328|gb|GE047516.1|GE047516
EST:     TGCCTGGAACCTCATTTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TGCCTGGAACCTCA-TTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|193362975|gb|FK328739.1|FK328739
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|193398901|gb|FK362583.1|FK362583
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|193634044|gb|FK581558.1|FK581558
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|208212494|gb|GE011833.1|GE011833
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTACGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: gi|207715074|gb|GD695152.1|GD695152
EST:     TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG                         GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatgttttttcattgctttaaccaaaacttcacagttaacattcacttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAGTTTGGGGTCCCAGGGAATTTCTAAAGTTCATCTTTATAGTTAACTTTC
                                  agttaac  putative branch site (score: 3)
                                          ttcactttt  CT-rich tract
     ttttttcatt  TA-rich tract