Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggcctttcaaaaaaaaaaaaaaaaattctatcttagttgcagtatgcctgtaatttactaactacactcaccactttatctttgcttgctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGATGCTATACCTTACTCGGGAAAATATGATGGAGTTGTTGGTGTTTTAGGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G32850.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G32850.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G43600.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-ttggcctttcaaaaaaaaaaaaaaaaattctatcttagttgcagtatgcctgtaatttactaactacactcaccactttatctttgcttgctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGATGCTATACCTTACTCGGGAAAATATGATGGAGTTGTTGGTGTTTTAGGT
 || |  | ||             ||  || | || |        || |  || | | |  || | |           || | ||  |||   | |   ||||||||  | || ||  | ||  |||| || || || ||||| ||||| |||||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||
gtttggttctcgctctctgttgctaa--ttgtttcgttaagaagataggtttg-attatgttatccatgtgaggtgtgttgttttgacttctctaacttagGGATGGTTTAGAGCCAAATCTGCCTGCTGTAGCCACTGGTTCTCACATCGATGCTATTCCATATTCCGGGAAATATGATGGTGTTGTCGGTGTTTTAGGT

upper sequence: GLYMA10G32850.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0020g04900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
ttggcctttcaaaaaaaaaaaaaaaaattctatcttagttgcagtatgcctgtaatttact--aactaca-ctcacca----ctttatctttgcttgctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGATGCTATACCTTACTCGGGAAAATATGATGGAGTTGTTGGTGTTTTAGGT
       ||     | |  |   ||   | |    | ||| |  |  |  |     ||  |  ||||  | || | ||    ||| |||||   |  ||||||||||||| ||   ||| || |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || || |||||||| |||
-------ttaggtcacattatttaattctttgctattgtttccattagttttcttcttgtttcaactgtatctgatcaagctcttcatcttatttccctttatgcagGGAAGGTTATGAGCCAGAGCTTACTGCTGTTGCAACAGGTTCTCACATTGATGCTATTCCATACTCTGGGAAATATGATGGGGTCGTCGGTGTTTTGGGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120532605|gb|EH260738.1|EH260738
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|16347483|gb|BI973078.1|BI973078
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|298176989|gb|HO023350.1|HO023350
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|213595183|gb|DB960190.1|DB960190
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|209723482|gb|BW669483.1|BW669483
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|120532833|gb|EH260966.1|EH260966
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|298179399|gb|HO027870.1|HO027870
EST:     GCTGGCCTATCTGTGGGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|151408662|gb|EV278470.1|EV278470
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGCCGCTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|209700349|gb|BW664386.1|BW664386
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|298171715|gb|HO021307.1|HO021307
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|120532878|gb|EH261011.1|EH261011
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|15338254|gb|BI498910.1|BI498910
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|193608632|gb|FK562378.1|FK562378
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|213616932|gb|DB959244.1|DB959244
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCGCATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|209728923|gb|BW654990.1|BW654990
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTG
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCC-TTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTG
EST: gi|207808682|gb|GD780585.1|GD780585
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|24205312|gb|BU964565.1|BU964565
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|209726738|gb|BW654840.1|BW654840
EST:     GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GCTGGCCTATCTGTGAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
EST: gi|192306703|gb|FG998857.1|FG998857
EST:     GAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTG                         GGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA
genomic: GAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGTCGTTGgtgagtgtct ... ctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgcctgtaatttactaactacactcaccactttatctttgcttgctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGATGCTATACCTTACTCGGGAAAATATGATGGAGTTGTTGGTGTTTTAGGT
                                   tctttgcttgcttt  CT-rich tract
       taatttactaacta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttggcctttcaaaaaaaaaaaaaaaaattctatcttagttgcagtatgcctgtaatttactaactacactcaccactttatctttgcttgctttatgcagGGATGGCCTTGAACCTGAGCTTGCTGCAGTTGCAACAGGTTCGCACATTGATGCTATACCTTACTCGGGAAAATATGATGGAGTTGTTGGTGTTTTAGGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA