Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagaaacttatatacttatatagccattaattagtcttatagtatattttaattctgtaaatccatgaaattaattaattaactgtttaattttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGCCTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G32340.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g40890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------cagaaacttatatacttatat--agccattaat-tagtcttatagtatattttaattctgtaaatccatgaaattaattaattaactgtttaattt----------tctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGCCTTG
                                                ||  |||   || |  ||  ||  | || | |     | |  |||   |  || || |  |||  ||   | ||||   | ||  |||  |||            |  |||||||||||||  ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||||||
gtcagtaatctctacttaaattttctattatctaatatctaagtgtttaattttaataacctgaattaaggtactagtctgaatctctgatatgagtccatgctctgcatctgtgttctgaatt--ctgaccattttgtttggaaatggaaatttcagGATGTTTGTTGAATCATGCAAGCGCCTTAGGATAATGAAAGGATCAGAAGCTATTGGCCTTG

upper sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G138268_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
cagaaacttatatacttatatagccattaattagtcttatagtatattttaattctgtaaatccatgaaatta-attaattaactgtttaattttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGCCTTG
  |  |    |  |   ||       ||  |      ||     |||| || |  ||   |  |   |||| | | |||||  |  ||| ||||||   |||||||| || |  |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| |
--gtgagcactgcatgcatgcgcttcttcctgcactatactccttattatattattgcctaatcggaaaataataataattt-ccatttcattttc---agGATGTTCGTCGAATCATGCAAGCGCCTTCGGATCATGAAAGGATCAGAAGCCATTGGCCTGG

upper sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
cagaaacttatatacttatatagccattaattagtcttatagtatattttaattctgtaaatccatgaaattaattaattaactgtttaattttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGCCTTG
  | |  |  |   | | ||||    | || |  ||  ||   | | |  |||||    ||    |   | |||    | | |||||| ||||  || |||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||
ttgtagttggttatcatctatatgggtaaaattctcacatgaaacaataaaattccaccaaaagctatgactaaagtttaagctgtttgatttcatgcagGATGTTTGTTGATTCATGCAAGCGCTTGCGTATAATGAAAGGATCAGAAGCAATTGGTCTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192319925|gb|FK012973.1|FK012973
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|14991595|gb|BI317268.1|BI317268
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|12687908|gb|BG154304.1|BG154304
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTNTGTTGGGTCATGCANGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|209714040|gb|BW684491.1|BW684491
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|192322219|gb|FK014115.1|FK014115
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|19269830|gb|BM886086.1|BM886086
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|31306889|gb|CD392092.1|CD392092
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|10233565|gb|BE802453.1|BE802453
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|19053573|gb|BM732240.1|BM732240
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|41145593|gb|CK605804.1|CK605804
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|27426769|gb|CA938289.1|CA938289
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGC
EST: gi|15661889|gb|BI699260.1|BI699260
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|151412790|gb|EV282602.1|EV282602
EST:     TATGAAGATAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|37997457|gb|CF809046.1|CF809046
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|151412567|gb|EV282379.1|EV282379
EST:     TATGAAGATAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGCGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCC
EST: gi|15815503|gb|BI787778.1|BI787778
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|192319926|gb|FK012974.1|FK012974
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|26269385|gb|CA820448.1|CA820448
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|7286253|gb|AW598740.1|AW598740
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|9258968|gb|BE347115.1|BE347115
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|31459036|gb|CD401064.1|CD401064
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|10844620|gb|BF067790.1|BF067790
EST:     TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTT-GTTGGGTCAN-CAAGCGCCTGCCA-TAATGAAGGGATCAGAAGC
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGC
EST: gi|15286249|gb|BI470140.1|BI470140
EST:     TATGAAGATAANGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGA                         GATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTG
genomic: TATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttctt ... ttttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttaattctgtaaatccatgaaattaattaattaactgtttaattttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGCCTTG
                                             ttttct  CT-rich tract
            taaatccatgaaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cagaaacttatatacttatatagccattaattagtcttatagtatattttaattctgtaaatccatgaaattaattaattaactgtttaattttctgaagGATGTTTGTTGGGTCATGCAAGCGCCTGCGAATAATGAAGGGATCAGAAGCGATTGGCCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - -agccatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatgaa