1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttgctttgctttacctttatgctgctgatttgtactgatttatgcaatggctccataagaatttgtacttggttctttatgtttttctccagGTGTCAGAGAGGATAATGGGCTGCATTTTACCAATCTGTCTCCCTCGGAAGAATTTGAATGTTGTGGTGGTGGAGTTGATTTTGTAACATTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G31030.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATCCTTCCCAAGATAATTTTTTACAGAAACAGTCATACTGCTTATCAG GTGTCAGAGAGGATAATGGGCTGCATEST: gi|51335064|gb|CO978930.1|CO978930
genomic: CAATCCTTCCCAAGATAATTTTTTACAGAAACAGTCATACTGCTTATCAGgttgctttgc ... ttttctccagGTGTCAGAGAGGATAATGGGCTGCAT
EST: GATAATTTTTTACAGAAACAGTCATACTGCTTATCAG GTGTCAGAGAGGATAATGGGCTGCATTTTACCAATCTGTNNCCCTCGGAAG
genomic: GATAATTTTTTACAGAAACAGTCATACTGCTTATCAGgttgctttgc ... ttttctccagGTGTCAGAGAGGATAATGGGCTGCATTTTACCAATCTGTCTCCCTCGGAAG
atttatgcaatggctccataagaatttgtacttggttctttatgtttttctccagGTGTCAGAGAGGATAATGGGCTGCATTTTACCAATCTGTCTCCCTCGGAAGAATTTGAATGTTGTGGTGGTGGAGTTGATTTTGTAACATTG
tactgat putative branch site (score: 2)
ttctttatgtttttct putative PPT
ttctttatgttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgctttgctttacctttatgctgctgatttgtactgatttatgcaatggctccataagaatttgtacttggttctttatgtttttctccagGTGTCAGAGAGGATAATGGGCTGCATTTTACCAATCTGTCTCCCTCGGAAGAATTTGAATGTTGTGGTGGTGGAGTTGATTTTGTAACATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG