Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G26790.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtg-ggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgtttc-------agGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG
       || | | | | |||| ||     | | | |  |  ||| |  |    | | | | ||   ||||  |||  | ||  |||| ||  ||||||       ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
-------aaat-agcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaat-gtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgtt------tcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG
       |||||     |||   ||||   | | | ||  |||  |   | ||  ||  ||||     | || |||  |||    ||   |  ||||      ||||||| || ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| || |||
-------aattgttaggatatccttgtcagtatgctccatttgttcaccttgtttttcctctgctatgtagtcttttatttactaaactgttttgttcgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G53870.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgttt------cagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG---------------------------------------------
     |||||||  | ||||   |   | |  |  |      | |    | |   || |  |||   |    || | ||    |  | |   | | |       ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||                                             
-----gtaattgttcttatagactctgtatggtttcaaataggtattg-tctagcttctaagtgtaatgactttaagttctcatgcaatggttatatgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGCGAGGTTATCGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCTGCCAGAGCCAAGTCTATG

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G31610.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
----aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG---------------------------------------------
     |||  | ||  |  || |           | |  |  |  |      |  |||  ||    |    ||    || |  || ||| | ||  | |  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||                                             
aacacactgatgatacataatgtgtcgacaaggctattgcatctcttttttcacttgaacttctcatc--cttaatattgcaatg-gtatatttgatata-cagGGCCTGTTATGGTGTTTTGAGATTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGTGAGGTCATCGTGAGTGGAAAGCTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCCATG

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
---aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaa-acttcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG
      || |  || ||  |  ||| ||  || |        |||  | |  | |||| | |           |||| |  |||  | | | ||  |  |  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| 
ttatgttact--ttaaatttgaactgtt-ctcctaaatatggcttttatgc-tttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---aactagtaattga-acatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaact-tcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG
      ||  | |||  |||  ||  | |||   ||   | |  |        | | ||   | |  | |      ||| | || ||    || |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || |||||||| |||
aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatc-----tgtttcatggctgttcgagccctaatttgccttctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6072063|gb|AW101382.1|AW101382
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209716016|gb|BW662267.1|BW662267
EST:     AGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: AGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|298187775|gb|HO031732.1|HO031732
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|213607333|gb|DB967070.1|DB967070
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|15337030|gb|BI497686.1|BI497686
EST:     CTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|21994938|gb|BQ786466.1|BQ786466
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|21993586|gb|BQ785114.1|BQ785114
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|7041681|gb|AW471522.1|AW471522
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCACTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTATTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAATGTATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|6566521|gb|AW234164.1|AW234164
EST:     CANGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAAGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209729682|gb|BW669782.1|BW669782
EST:     GCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: GCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|298193606|gb|HO040254.1|HO040254
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|213601492|gb|DB956742.1|DB956742
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209716015|gb|BW662266.1|BW662266
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209717515|gb|BW653955.1|BW653955
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192299860|gb|FG993350.1|FG993350
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGCGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|151398090|gb|EV267968.1|EV267968
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|213590916|gb|DB975116.1|DB975116
EST:     TCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: TCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|15203305|gb|BI426073.1|BI426073
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|42722910|gb|CK768809.1|CK768809
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|15337465|gb|BI498121.1|BI498121
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|6725979|gb|AW310378.1|AW310378
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|213597996|gb|DB972184.1|DB972184
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|42722882|gb|CK768781.1|CK768781
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|16996025|gb|BM085397.1|BM085397
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|27427516|gb|CA939036.1|CA939036
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|8282554|gb|BE020115.1|BE020115
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|18039340|gb|BM307634.1|BM307634
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|31468836|gb|CD410864.1|CD410864
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|298184418|gb|HO029631.1|HO029631
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCCGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|19269579|gb|BM885835.1|BM885835
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|21601379|gb|BQ611710.1|BQ611710
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|120530330|gb|EH258463.1|EH258463
EST:     GGCTGAGTCTCTTCNGCTACAAGCTCCTNTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: GGCTGAGTCTCTTC-GATACAAGCTCCT-TGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|213617025|gb|DB959337.1|DB959337
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|27424060|gb|CA935580.1|CA935580
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGC
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGC
EST: gi|12773588|gb|BG238515.1|BG238515
EST:     CAAGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|151406970|gb|EV276785.1|EV276785
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|24135989|gb|BU926499.1|BU926499
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192324283|gb|FK018259.1|FK018259
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209707152|gb|BW656769.1|BW656769
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|6502154|gb|AW203527.1|AW203527
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTNTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209718917|gb|BW669106.1|BW669106
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|298166628|gb|HO010067.1|HO010067
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|12687952|gb|BG154227.1|BG154227
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|16996729|gb|BM086101.1|BM086101
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|213603280|gb|DB970389.1|DB970389
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|10709986|gb|BF009710.1|BF009710
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAC                         GGCCTGCTATAGTGTTTTAAGGTTAGTTATGGAGAGTGGTGCTAA
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAA
EST: gi|8283875|gb|BE021434.1|BE021434
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|298178210|gb|HO023945.1|HO023945
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTG
EST: gi|209729681|gb|BW669781.1|BW669781
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAGgtgtatattc ... cctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG
                                          cttcctgtttc  CT-rich tract
      tgattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - catatac
- - - - - - - - - - - - - - - - -ccccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctttgtg