1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttgtaatgagtaaggtgattaatgcatgtttttgaaaaatcgttagttaacatgttttaagtccaagctttctacttatagagtttttttcttttttagTTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGTCTAAAGAAGTGGAACTCTATTCAACTAATCAGAATTGCGTGAAGATGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G06780.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGAACGCTAACTAGTTCTTACTATAGAGGAGCGCAAGGAATCATTCTTG TTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGT-GTEST: gi|298191339|gb|HO038818.1|HO038818
genomic: CAGAACGCTAACTAGTTCTTACTATAGAGGAGCGCAAGGAATCATTCTTGgtaagcaaaa ... tcttttttagTTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGT
EST: CAGAACGCTAACTAGTTCTTACTATAGAGGAGCGCAAGGAATCATTCTTG TTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGTEST: gi|13311878|gb|BG405529.1|BG405529
genomic: CAGAACGCTAACTAGTTCTTACTATAGAGGAGCGCAAGGAATCATTCTTGgtaagcaaaa ... tcttttttagTTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGT
EST: CAGAACGCTAACTAGTTCTTACTATAGAGGAGCGCAAGGAATCATTCTTG TTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGT
genomic: CAGAACGCTAACTAGTTCTTACTATAGAGGAGCGCAAGGAATCATTCTTGgtaagcaaaa ... tcttttttagTTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGT
agttaacatgttttaagtccaagctttctacttatagagtttttttcttttttagTTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGTCTAAAGAAGTGGAACTCTATTCAACTAATCAGAATTGCGTGAAGATGCT
agttaac putative branch site (score: 3)
tttttttctttttt putative PPT
ttatagagtttttttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgtaatgagtaaggtgattaatgcatgtttttgaaaaatcgttagttaacatgttttaagtccaagctttctacttatagagtttttttcttttttagTTTATGATGTAACGAGAAGAGACACCTTCACAAACTTATCAGAAGTGTGGTCTAAAGAAGTGGAACTCTATTCAACTAATCAGAATTGCGTGAAGATGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - ggtgatt
- - - - - - - - - - - - gcatgtt
- - - - - - - - - - - - -catgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaat