1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tattgtttgtgaaaatgcatcagtttgtctctacgtgggattctttttgtgggtttttggtgcttttactgagtatgttgcttgtgacttgaatttgcagCTTTACGTGGGGCTGCCACGTTGAAAGCAAGGGTGCTTAAGGAGGTTTGGAACATAGCAGCTGTGATTCCCGTGGAGAAGAATTTGGGTGCTGGCGGTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G00600.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tttgtgggtttttggtgcttttactgagtatgttgcttgtgacttgaatttgcagCTTTACGTGGGGCTGCCACGTTGAAAGCAAGGGTGCTTAAGGAGGTTTGGAACATAGCAGCTGTGATTCCCGTGGAGAAGAATTTGGGTGCTGGCGGTGG
ttgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattgtttgtgaaaatgcatcagtttgtctctacgtgggattctttttgtgggtttttggtgcttttactgagtatgttgcttgtgacttgaatttgcagCTTTACGTGGGGCTGCCACGTTGAAAGCAAGGGTGCTTAAGGAGGTTTGGAACATAGCAGCTGTGATTCCCGTGGAGAAGAATTTGGGTGCTGGCGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- -tgtttgt
- - - - - - -aatgcat
- - - - - - - - - - - - - - - ctacgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggtttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tactgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgactt