Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatgaaatgaaacacataattttcaattctcttattattattaatttattatttttgtacttttttactttgcaaaatttcataagcacaagcagttaaccttaatccacaattttccattattgcagATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40990.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213608125|gb|DB972593.1|DB972593
EST:     CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACTCCTATGTTAATATAG                         ATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG
genomic: CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAGgtacatgaaa ... attattgcagATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG
EST: gi|193365164|gb|FK331433.1|FK331433
EST:     CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAG                         ATGATTGTTGGGCTGAAATTAAAATCGGGATGCTA
genomic: CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAGgtacatgaaa ... attattgcagATGATTGTTGGGCTGAA-TTAAA-TCGGGATGCTA
EST: gi|213595971|gb|DB966274.1|DB966274
EST:     CCTTGTGTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACTCCTATGTTAATATAG                         ATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG
genomic: CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAGgtacatgaaa ... attattgcagATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG
EST: gi|207689956|gb|GD673525.1|GD673525
EST:     CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAG                         ATGATTGTTGGGC
genomic: CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAGgtacatgaaa ... attattgcagATGATTGTTGGGC
EST: gi|208181405|gb|GD974658.1|GD974658
EST:     CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATTCACCTATGTTAATATAG                         ATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGTTAAGGGTAATCTG
genomic: CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAGgtacatgaaa ... attattgcagATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAGGGTAATCTG
EST: gi|213589246|gb|DB957778.1|DB957778
EST:     CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACTCCTATGTTAATATAG                         ATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG
genomic: CCTTGTTTCTACTGGTCTTTCCAAGCTTGGATACACCTATGTTAATATAGgtacatgaaa ... attattgcagATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaatttcataagcacaagcagttaaccttaatccacaattttccattattgcagATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAG
                                       ttttccatt  CT-rich tract
                                     aattttccattatt  TA-rich tract