1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atgatgatgatgatatgccatttcatagattatttgatccttactaatttccaatgtatgttcatctctaaactctagaaattatttgatctgataacagAGCTCAAAAACAACTCTCAGCTATTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAGGCAACTCTTGAAGCTGAGCTGAAAAAAATTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G39730.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTATGTGAAGGCATGGGAAGAAAGTGAAAAGGCCAAAGCAGAGAACAG AGCTCAAAAACAACTCTCAGCTATTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAGGCEST: gi|298194463|gb|HO042935.1|HO042935
genomic: TCCTATGTGAAGGCATGGGAAGAAAGTGAAAAGGCCAAAGCAGAGAACAGgtgaagactt ... ctgataacagAGCTCAAAAACAACTCTCAGCTATTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAGGC
EST: TCCTATGTGAAGGCATGGGAAGAAAGTGAAAAGGCCAAAGCAGAGAACAG AGCTCAAAAACAACTCTCAGCTATTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAGGC
genomic: TCCTATGTGAAGGCATGGGAAGAAAGTGAAAAGGCCAAAGCAGAGAACAGgtgaagactt ... ctgataacagAGCTCAAAAACAACTCTCAGCTATTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAGGC
aatttccaatgtatgttcatctctaaactctagaaattatttgatctgataacagAGCTCAAAAACAACTCTCAGCTATTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAGGCAACTCTTGAAGCTGAGCTGAAAAAAATTGAG
tagaaattatttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgatgatgatgatatgccatttcatagattatttgatccttactaatttccaatgtatgttcatctctaaactctagaaattatttgatctgataacagAGCTCAAAAACAACTCTCAGCTATTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAGGCAACTCTTGAAGCTGAGCTGAAAAAAATTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- gatgatg
- - - - - - -tatgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaatgt