Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggtgtttttaaattttccttgtctatttgtgtgaatacaattcttctgcatccctgtagcaaaattataatctctatgtatcttaaactatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G28440.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G53870.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
---ggtgtttttaaattttccttgtctatttgtgtgaatacaattcttctgcatccctgtagcaaaattataatctctatgtatcttaaactatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG---------------------------------------------
     |||| ||| |   ||  | |   ||    |   ||   |    || | |   ||||   |  ||| | |    ||| |  |     ||| |  |  ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| || || |||||||||                                             
gtaattgttcttatagactctgtatggtttcaaataggtattgtctagcttc-taagtgtaatgacttta-agttctcatgcaa-tggttatatgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGCGAGGTTATCGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCTGCCAGAGCCAAGTCTATG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
---ggtgtttttaaattttccttgtctatttgtgtgaatacaattcttctgcatccctgtagcaaaattataatctctatgtatcttaa-actatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG
    ||   |||||||||       || ||    | ||||    | || ||| |   | |   |   | | ||| |  || |  | | | | | | |  |  ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| 
ttatgttactttaaattt----gaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
ggtgtttttaaattttccttgtctatttgtgtgaatacaattct-tctgcatccctgtagca-aaattataatctctatgtatcttaaactatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG
   || || | | || ||     ||    |||| ||      |  ||||  ||   |  |    |    |||| |   | | |  |        ||||| ||||| |||||||||||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| |||
-aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgttcgagccctaatttgcct-tctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31474805|gb|CD416833.1|CD416833
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|23058305|gb|BU578303.1|BU578303
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|21594357|gb|BQ610135.1|BQ610135
EST:     CGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|12496516|gb|BG047103.1|BG047103
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAAAATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGAT
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGA-TTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGAT
EST: gi|5677916|gb|AI939046.1|AI939046
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|33389542|gb|CA852749.1|CA852749
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|12497107|gb|BG047401.1|BG047401
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|24205365|gb|BU964618.1|BU964618
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|8283729|gb|BE021288.1|BE021288
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGAT
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGAT
EST: gi|120496311|gb|EH224478.1|EH224478
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|15813645|gb|BI785920.1|BI785920
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|120496212|gb|EH224379.1|EH224379
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|254325495|gb|GR838376.1|GR838376
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|8286276|gb|BE023835.1|BE023835
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|31475508|gb|CD417536.1|CD417536
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTGGGGATGGGAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|31561125|gb|CD486963.1|CD486963
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|192305912|gb|FG995462.1|FG995462
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGTTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|120496331|gb|EH224498.1|EH224498
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|151406004|gb|EV275819.1|EV275819
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|213592479|gb|DB971635.1|DB971635
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATG
EST: gi|192305913|gb|FG995463.1|FG995463
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGTTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|16105559|gb|BI893299.1|BI893299
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|14990868|gb|BI316541.1|BI316541
EST:     CAAGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|17153034|gb|BM142967.1|BM142967
EST:     GTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: GTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|151409012|gb|EV278820.1|EV278820
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|298179211|gb|HO027682.1|HO027682
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|20814979|gb|BQ299457.1|BQ299457
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|15813712|gb|BI785987.1|BI785987
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|21889395|gb|BQ742608.1|BQ742608
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|21889541|gb|BQ742754.1|BQ742754
EST:     CAAGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCAGTGGCCTCGCTGTTCACAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|298164138|gb|HO013783.1|HO013783
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGGAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|9564213|gb|BE473722.1|BE473722
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
EST: gi|31472170|gb|CD414198.1|CD414198
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCTGTTCGCAGgtataacatg ... tttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgcatccctgtagcaaaattataatctctatgtatcttaaactatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG
                                             tttatttc  CT-rich tract
               aaaattataatctcta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggtgtttttaaattttccttgtctatttgtgtgaatacaattcttctgcatccctgtagcaaaattataatctctatgtatcttaaactatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
ggtgttt
- - - - - - - ttccttg
- - - - - - - - - - - - - -tgtgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgta