Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgaaatcctggtttgtataaatgctgtcagcaacaacaatagaattaaatccttgttttatgtgaaatctttactaatatattcttttcttccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAAAACTTTACGGCCAAACACACTGGTCCTGGCCTTCTGTCAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G11960.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G11960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0084g00620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
tgaaatcctggtttgtataaatgctgt-cagcaacaacaatagaattaaatccttgttttatgtgaaatctttactaat--atattcttttcttccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAAAACTTTACGGCCAAACACACTGGTCCTGGCCTTCTGTCAATG
          |||  |  |||  || | |  |     |   | || |  | | || |||  |||    |  |   |     || ||||| ||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| || |||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||  ||||||||
----------gttcctccaaactctcttcttctttctcttcataaatcgaccgttttttattgttcttttctagttgtctcattttcttctctccctttccagGGTGATGGTAGTGGATGCGTTTCCATCTATGGAAGCAAGTTCGAGGATGAAAATTTTATTGCTAAACACACTGGTCCTGGTCTCTTGTCAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6719223|gb|AW306870.1|AW306870
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTNAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGT-AGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGA
EST: gi|151409781|gb|EV279589.1|EV279589
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|192325817|gb|FK018039.1|FK018039
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298167097|gb|HO010536.1|HO010536
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTCATGATTCAGGCGGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|15286510|gb|BI470401.1|BI470401
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298172912|gb|HO019896.1|HO019896
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|15814116|gb|BI786391.1|BI786391
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|192320580|gb|FK011990.1|FK011990
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298182560|gb|HO031295.1|HO031295
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTCATGATTCAGGCGGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGCTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|17023477|gb|BM094511.1|BM094511
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298188736|gb|HO035429.1|HO035429
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGACGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTCGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|10847406|gb|BF070093.1|BF070093
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaatccttgttttatgtgaaatctttactaatatattcttttcttccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAAAACTTTACGGCCAAACACACTGGTCCTGGCCTTCTGTCAATG
                          tactaat  putative branch site (score: 1)
                                tatattcttttcttcc  CT-rich tract
          ttttatgtgaaatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgaaatcctggtttgtataaatgctgtcagcaacaacaatagaattaaatccttgttttatgtgaaatctttactaatatattcttttcttccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAAAACTTTACGGCCAAACACACTGGTCCTGGCCTTCTGTCAATG

- - - - tggtttg
- - - - - - - - - - -tgctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - caacaac