1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gttatttcttatgtttcatattgtggttctcattaaattacgtttacccttatagactctaattcgagtatgcaaatgacttacaattgttgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGCATAAGACACCAGATTGTTGCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G01370.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|193447808|gb|FK414073.1|FK414073
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|254314383|gb|GR831968.1|GR831968
genomic: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGG-AGTGEST: gi|254314656|gb|GR829649.1|GR829649
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|208120718|gb|GD916047.1|GD916047
genomic: TGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|15203298|gb|BI426066.1|BI426066
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|151397719|gb|EV267592.1|EV267592
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|208056876|gb|GD851209.1|GD851209
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACEST: gi|18039695|gb|BM307989.1|BM307989
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACAC
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|11414041|gb|BF425981.1|BF425981
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATATTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|208200834|gb|GD995659.1|GD995659
genomic: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
acccttatagactctaattcgagtatgcaaatgacttacaattgttgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGCATAAGACACCAGATTGTTGCAAA
gacttac putative branch site (score: 2)
ttgcctttc putative PPT
ttacaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttatttcttatgtttcatattgtggttctcattaaattacgtttacccttatagactctaattcgagtatgcaaatgacttacaattgttgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGCATAAGACACCAGATTGTTGCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG