Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgtgtttttcatctcatctaatgctttatttatcgactaaatagatcgtgttaattaattctatcgattcctttccttattgttctttttcccagCAAATGAGTTTAACAATTAGTGCCCCGCCGGAAGTAAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G01160.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208156473|gb|GD957693.1|GD957693
EST:     AGGAAAATATTAAACCTCCCGTATTGGAAGGACTCGATGCTTTAGTAGCA                         CAAATGAGTTTAACAATTAGTGCCCCGCCGGAAGTAAATG
genomic: AGGAAAATATTAAACCTCCCGTATTGGAAGGACTCGATGCTTTAGTAGCAgtaagttgtg ... tttttcccagCAAATGAGTTTAACAATTAGTGCCCCGCCGGAAGTAAATG
EST: gi|209701792|gb|BW667417.1|BW667417
EST:     AGGAAAATATTAAACCTCCCGTATTGGAAGGACTCGATGCTTTAGTAGCA                         CAAATGAGTTTAACAATTAGTGCCCCGCCGGAAGTAAATG
genomic: AGGAAAATATTAAACCTCCCGTATTGGAAGGACTCGATGCTTTAGTAGCAgtaagttgtg ... tttttcccagCAAATGAGTTTAACAATTAGTGCCCCGCCGGAAGTAAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagatcgtgttaattaattctatcgattcctttccttattgttctttttcccagCAAATGAGTTTAACAATTAGTGCCCCGCCGGAAGTAAATG
            aattaat  putative branch site (score: 3)
                  ttctatcgattccttt  CT-rich tract
        tgttaattaattctat  TA-rich tract