Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcatgctttttgtgttgtttattttttcaaattgaatgttttggattagtggtaattttgtcaaagttgatcatgagtttctcctagttagggtagtgatagttgttttgatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCTTATTATGGAAATATAGACTGCCTTAAGGTCATTCTTTCTGCTGCTCATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G47310.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14258973|gb|BG881881.1|BG881881
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|11273903|gb|BF324292.1|BF324292
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|6482838|gb|AW202050.1|AW202050
EST:     GCATGGAAAGACTGGGTTGTGT-GAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: GCATGGAAAGACTGG-TTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|19452479|gb|BM953889.1|BM953889
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|213588033|gb|DB971480.1|DB971480
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|15000646|gb|BI321460.1|BI321460
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|213605710|gb|DB972330.1|DB972330
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|6566573|gb|AW234216.1|AW234216
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|21677769|gb|BQ630120.1|BQ630120
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|213606309|gb|DB961369.1|DB961369
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGG
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGG
EST: gi|14999282|gb|BI320295.1|BI320295
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|209706256|gb|BW668082.1|BW668082
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|16105121|gb|BI892861.1|BI892861
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|7691680|gb|AW759803.1|AW759803
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|209720551|gb|BW654430.1|BW654430
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
EST: gi|21994444|gb|BQ785972.1|BQ785972
EST:     TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGT                         ATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT
genomic: TGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAGCTTATTCATGCCGGAGCAAGTgtatgtcatg ... gatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttgatcatgagtttctcctagttagggtagtgatagttgttttgatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCTTATTATGGAAATATAGACTGCCTTAAGGTCATTCTTTCTGCTGCTCATT
                                         ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                      ttgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtcatgctttttgtgttgtttattttttcaaattgaatgttttggattagtggtaattttgtcaaagttgatcatgagtttctcctagttagggtagtgatagttgttttgatgtttcagATATTGATGTTTGATTCTATACGTCGGAGAACTTGCTTGCACTATGCCGCTTATTATGGAAATATAGACTGCCTTAAGGTCATTCTTTCTGCTGCTCATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT