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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtttctttgtttatttgcatctgcttcattagagattttagaatattcaggttggtctgactatgtaattgtgttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATTGAGACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G23750.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213617680|gb|DB959348.1|DB959348
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|209713367|gb|BW653864.1|BW653864
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|254325882|gb|GR838763.1|GR838763
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|26046005|gb|CA783377.1|CA783377
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|254347507|gb|GR853756.1|GR853756
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|151408828|gb|EV278636.1|EV278636
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|213600867|gb|DB968831.1|DB968831
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCT-ACCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|18733245|gb|BM527500.1|BM527500
EST:     CAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: CAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|192299043|gb|FG992834.1|FG992834
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|298190099|gb|HO032220.1|HO032220
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|254325881|gb|GR838762.1|GR838762
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|21602015|gb|BQ612346.1|BQ612346
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|298186333|gb|HO036966.1|HO036966
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATAGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|298167477|gb|HO012740.1|HO012740
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|213614186|gb|DB956798.1|DB956798
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|6481697|gb|AW200968.1|AW200968
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|151404152|gb|EV273962.1|EV273962
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|192294789|gb|FG987478.1|FG987478
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|11689677|gb|BF597353.1|BF597353
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|193555077|gb|FK515074.1|FK515074
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|15285859|gb|BI469750.1|BI469750
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|193492448|gb|FK454858.1|FK454858
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|213604903|gb|DB956306.1|DB956306
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|192294006|gb|FG987175.1|FG987175
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|8402790|gb|BE058424.1|BE058424
EST:     GTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: GTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|209700311|gb|BW664537.1|BW664537
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|151407554|gb|EV277369.1|EV277369
EST:     TGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|298169215|gb|HO020575.1|HO020575
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|209705304|gb|BW667975.1|BW667975
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|192298153|gb|FG991673.1|FG991673
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|213598951|gb|DB964526.1|DB964526
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|18041158|gb|BM309461.1|BM309461
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|8284696|gb|BE022238.1|BE022238
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGACCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|193633177|gb|FK585143.1|FK585143
EST:     CTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: CTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|192296243|gb|FG991569.1|FG991569
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|10845839|gb|BF068880.1|BF068880
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|15664210|gb|BI701581.1|BI701581
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|209705404|gb|BW678521.1|BW678521
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|209701110|gb|BW652638.1|BW652638
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|17023798|gb|BM094832.1|BM094832
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|14258689|gb|BG881597.1|BG881597
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|298176382|gb|HO023083.1|HO023083
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|9564858|gb|BE474367.1|BE474367
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
EST: gi|151404236|gb|EV274046.1|EV274046
EST:     TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGG                         TATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT
genomic: TTCTATGTCGATCCAGAGGCTAAGCTCTTGTTTATTGTTCGCATTCGTGGgtatgtgttt ... gttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attagagattttagaatattcaggttggtctgactatgtaattgtgttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATTGAGACAG
                           gtctgac  putative branch site (score: 3)
                                            tgttttttc  putative PPT
     agattttagaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgtttctttgtttatttgcatctgcttcattagagattttagaatattcaggttggtctgactatgtaattgtgttttttcagTATTAATGCCATGGATCCCAAATCAAGGAAGATCCTGCAGCTGTTGCGATTGAGACAG

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