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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtactaagttcaagacaagcttttctgttgatatttttgttctttttgtttctctatgatgaagtcgtagaagaaatttgttacagtatgaattcacatcacttgataacaattctgtaagttacaatcatcattatataatgctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATGCTGTAAAAGCCTTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G22430.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G22430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0002g06040.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaagtactaagttcaagacaagcttttctgttgatatttttgttctttttgtttctctatgatgaagtcgtagaagaaatttgttacagtatgaattcacatcacttgataacaattctgtaagttacaatcatcattatataatgctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATGCTGTAAAAGCCTTCAG
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----------------------------------------------taatcatttctttataac----tttcaggg-----ctgtgcctttttaacttcctggaaaactattgta-ttaagttgtttatatcttaccatggacatggcccttgcagATGTTCCTTTGAGTGCTAGAAATATTTTGGAAGACCCTGAGCTGAAGATTGCTGTAAAAAAATTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10845845|gb|BF071195.1|BF071195
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|19936158|gb|BQ080747.1|BQ080747
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|41146075|gb|CK606286.1|CK606286
EST:     TCCACAATGTGGATNTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|7042125|gb|AW472019.1|AW472019
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|6724615|gb|AW309070.1|AW309070
EST:     AGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: AGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|13790877|gb|BG653468.1|BG653468
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|14992101|gb|BI317774.1|BI317774
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|15000045|gb|BI320859.1|BI320859
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|192326383|gb|FK015900.1|FK015900
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|151403203|gb|EV273013.1|EV273013
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|11117921|gb|BF219514.1|BF219514
EST:     GAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: GAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58023967|gb|CX710708.1|CX710708
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58017876|gb|CX704618.1|CX704618
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|192325587|gb|FK019443.1|FK019443
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58024154|gb|CX710895.1|CX710895
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|151412930|gb|EV282742.1|EV282742
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|10255366|gb|BE823132.1|BE823132
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58018211|gb|CX704953.1|CX704953
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcacttgataacaattctgtaagttacaatcatcattatataatgctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATGCTGTAAAAGCCTTCAG
      tgataac  putative branch site (score: 2)
                                            tgctctt  putative PPT
                        ttacaatcatcattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaagtactaagttcaagacaagcttttctgttgatatttttgttctttttgtttctctatgatgaagtcgtagaagaaatttgttacagtatgaattcacatcacttgataacaattctgtaagttacaatcatcattatataatgctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATGCTGTAAAAGCCTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG