1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...caaacctattctttattcttgtccctttttcttatgaatttaagctatgttcaagcttaacatggtggctgatatgatttcgattcttgtgtttcaacagCTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTTTTATTAATGCTATCATCTGGGGAGGTGTTGGTTCTGTCTGGTGGAAATT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G18910.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGCAATAACACACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAG CTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTTEST: gi|22927895|gb|BU545034.1|BU545034
genomic: TGGTGCAATAACACACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAGgtttgtccct ... gtttcaacagCTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTT
EST: TGGTGCAATAACACACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAG CTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTTEST: gi|10254936|gb|BE822702.1|BE822702
genomic: TGGTGCAATAACACACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAGgtttgtccct ... gtttcaacagCTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTT
EST: TGGTGCAATAACACACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAG CTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTTEST: gi|214005766|gb|DB988030.1|DB988030
genomic: TGGTGCAATAACACACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAGgtttgtccct ... gtttcaacagCTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTT
EST: ACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAG CTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTT
genomic: ACTATAGTAGCGGCCAGGCTGCTGTATACTATGGAGgtttgtccct ... gtttcaacagCTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTT
tatgttcaagcttaacatggtggctgatatgatttcgattcttgtgtttcaacagCTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTTTTATTAATGCTATCATCTGGGGAGGTGTTGGTTCTGTCTGGTGGAAATT
atatgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaacctattctttattcttgtccctttttcttatgaatttaagctatgttcaagcttaacatggtggctgatatgatttcgattcttgtgtttcaacagCTGGTTATGTAGACCTTCCGGATATCTTCAAAATGGGCTTCATCATGGCTTTTATTAATGCTATCATCTGGGGAGGTGTTGGTTCTGTCTGGTGGAAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
caaacct
- - - - - - - - - -tgtccct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agctatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atggtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatatg