1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ctgtatgactgtatatcacatataattcaaataatgggtcctgtggatccaacttaatagccagatataatgacaaagtgttctcgtgtgtttcttgtagGAAGATGGGTGGGTGGTATGCAGGGTGTTCAAAAAGAAAAGCCAAAACCGAGGTTTCCAGCAAGAAATTGAAGAAGAAGAGCACTTAACCACCCATATGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G17140.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGGATCATGCATGAGTATCGCCTTGATGAAGATGATGCTGATATTCAA GAAGATGGGTGGGTGGTATGCAGGGTGTTCAAAAAGAAAAGCCAAAACCGA
genomic: ATTGGATCATGCATGAGTATCGCCTTGATGAAGATGATGCTGATATTCAAgtgagaaaac ... tttcttgtagGAAGATGGGTGGGTGGTATGCAGGGTGTTCAAAAAGAAAAGCCAAAACCGA
gatccaacttaatagccagatataatgacaaagtgttctcgtgtgtttcttgtagGAAGATGGGTGGGTGGTATGCAGGGTGTTCAAAAAGAAAAGCCAAAACCGAGGTTTCCAGCAAGAAATTGAAGAAGAAGAGCACTTAACCACCCATATGA
acttaat putative branch site (score: 4)
tgtttctt putative PPT
aacttaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgtatgactgtatatcacatataattcaaataatgggtcctgtggatccaacttaatagccagatataatgacaaagtgttctcgtgtgtttcttgtagGAAGATGGGTGGGTGGTATGCAGGGTGTTCAAAAAGAAAAGCCAAAACCGAGGTTTCCAGCAAGAAATTGAAGAAGAAGAGCACTTAACCACCCATATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
-tgtatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccaact