Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcttataatttatttcactatttttattttagtatgctaaatcgtgatggatatttgatatatatacttacttgatgtagcgtagtggtatgattcttctcaatttgtgtgacattatttgttcatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTTACTAAGTATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13300.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G13300.3 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtcttataatttatttcactatttttattttagtatgctaaatcgtgatggatatttgatatatatacttacttgatgtagcgtagtggtatgattcttctcaatttgtgtgacattatttgttcatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTTACTAAGTATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATA
                     ||||| ||||    | ||  |     |||  | ||| ||   | || | ||    ||| |  |  | || |  |  ||   |||||   ||| ||   |||   | || ||||   ||||||||| ||||| ||||| |   | || || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||
--------------------gtttttctttt----ttcttcactacaatgc-tgtttaat---tttattaaccgtttgtggttt--ttgtttattcatttgaaattttcctgatat--gttgactacttttttttggctagTTTATGATGGCAAATGGTACCCTTGTACGTGTCCTCATTCATACAGATGTTACTAAATATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17023050|gb|BM094084.1|BM094084
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|7590904|gb|AW706647.1|AW706647
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|18848745|gb|BM567857.1|BM567857
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|213598655|gb|DB958183.1|DB958183
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|163927330|gb|EH040145.1|EH040145
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|151394091|gb|EV263962.1|EV263962
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|192328654|gb|FK023154.1|FK023154
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|208188144|gb|GD982254.1|GD982254
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTT-ATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGT
EST: gi|151408340|gb|EV278148.1|EV278148
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|24136625|gb|BU927135.1|BU927135
EST:     ATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: ATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|10842948|gb|BF066306.1|BF066306
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCAT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCAT
EST: gi|151407978|gb|EV277793.1|EV277793
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|151411945|gb|EV281756.1|EV281756
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|192327650|gb|FK020669.1|FK020669
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|17021888|gb|BM092922.1|BM092922
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|120532856|gb|EH260989.1|EH260989
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|8826330|gb|BE210060.1|BE210060
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATCTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
EST: gi|213589680|gb|DB965840.1|DB965840
EST:     CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGAGCTAGCAGGGACTATAACATCGATATGAACCCTAAGgtcttataat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtatgattcttctcaatttgtgtgacattatttgttcatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTTACTAAGTATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATA
                                tttgttcatttgtttt  CT-rich tract
                            attatttgttcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcttataatttatttcactatttttattttagtatgctaaatcgtgatggatatttgatatatatacttacttgatgtagcgtagtggtatgattcttctcaatttgtgtgacattatttgttcatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTTACTAAGTATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT