Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttattatttctatgtttctatttgtatacatcttctatttggcataagtaggaagttgtaattcttacgtattatacttatttaaaattatgtgaatggcacaaatatgctcacgtgcttacctctctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGCTGTTTCAGTTCCTCCTGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G05390.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208267696|gb|GE066801.1|GE066801
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTT
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTT
EST: gi|15813116|gb|BI785391.1|BI785391
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: gi|8285685|gb|BE023244.1|BE023244
EST:     AGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: AGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: gi|16996888|gb|BM086260.1|BM086260
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: gi|193476843|gb|FK439046.1|FK439046
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: gi|5342770|gb|AI795054.1|AI795054
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: gi|6913444|gb|AW394974.1|AW394974
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: gi|254345519|gb|GR851681.1|GR851681
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT                         GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaaaattatgtgaatggcacaaatatgctcacgtgcttacctctctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGCTGTTTCAGTTCCTCCTGCT
                                   tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                     cttacctctctgcttt  CT-rich tract
     aattatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttattatttctatgtttctatttgtatacatcttctatttggcataagtaggaagttgtaattcttacgtattatacttatttaaaattatgtgaatggcacaaatatgctcacgtgcttacctctctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGCTGTTTCAGTTCCTCCTGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT