1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtatgttattatttctatgtttctatttgtatacatcttctatttggcataagtaggaagttgtaattcttacgtattatacttatttaaaattatgtgaatggcacaaatatgctcacgtgcttacctctctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGCTGTTTCAGTTCCTCCTGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G05390.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTEST: gi|15813116|gb|BI785391.1|BI785391
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTT
EST: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGEST: gi|8285685|gb|BE023244.1|BE023244
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: AGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGEST: gi|16996888|gb|BM086260.1|BM086260
genomic: AGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGEST: gi|193476843|gb|FK439046.1|FK439046
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGEST: gi|5342770|gb|AI795054.1|AI795054
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGEST: gi|6913444|gb|AW394974.1|AW394974
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGEST: gi|254345519|gb|GR851681.1|GR851681
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
EST: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAAT GTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTCCGCGACCAACCTTGCCCACAATGCCACCAATgtatgttatt ... tctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCG
tttaaaattatgtgaatggcacaaatatgctcacgtgcttacctctctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGCTGTTTCAGTTCCTCCTGCT
tgcttac putative branch site (score: 2)
cttacctctctgcttt CT-rich tract
aattatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgttattatttctatgtttctatttgtatacatcttctatttggcataagtaggaagttgtaattcttacgtattatacttatttaaaattatgtgaatggcacaaatatgctcacgtgcttacctctctgctttagGTATAATCCTGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGATGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGCTGTTTCAGTTCCTCCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT